Ещё одно важное назначение получил игумен одного из Константинопольских монастырей, греческий теолог Исидор. Его возвели в сан митрополита Киевского и всея Руси. Византийский император надеялся заручиться поддержкой большой славянской общины и потому назначил митрополитом горячего сторонника объединения церквей. Исидор Киевский сумел убедить Великого московского князя Василия II в необходимости принять участие в Соборе, и московская делегация направилась в Италию.

Главным сторонником соглашения с византийской стороны, несомненно, являлся император Иоанн VIII Палеолог, рассчитывавший на военную помощь Запада. Греки были настроены защищать свои религиозные убеждения, но после усиленного давления сдали позиции. Как известно, греки уступили латинянам по многим пунктам и признали главенство папы римского. По всеобщему мнению два человека, а именно Виссарион и Исидор Киевский, оказали наибольшее влияние в деле подписания унии греческой делегацией. В апреле 1439 года Виссарион произнёс «Речь о единении», в которой озвучил все уступки, сделанные греками. Это был поворотный момент в ходе Флорентийского Собора, а также в жизни Виссариона. Более всего сопротивлялся подписанию унии Марк Эфесский, он – единственный из митрополитов, кто её не подписал.

В июле 1439 года папа Евгений выпустил буллу «Да возрадуются Небеса», в которой объявил о религиозном союзе Восточной и Западной церквей. На заседании Собора текст унии на латинском языке зачитывали кардинал Чезарини и на греческом языке Виссарион. Во время окончательного оглашения унии Марк Эфесский находился под домашним арестом. Испытывая внутреннее недовольство и чувствуя недостаточную убедительность аргументации, греки наотрез отказались предать анафеме тех, кто отверг унию. Как заявил митрополит Трапезундский: «Достаточно того, что свершилось дело, на которое, как я полагаю, не следовало бы нам соглашаться и в мыслях».

На тот момент не менее драматичным было положение у папы Евгения IV. В Священной Римской империи, во Франции, в Кастилии, Португалии, Арагоне, Шотландии, Польше, в Скандинавских королевствах и в обоих королевствах Сицилии продолжали считать Собор в Базеле единственным легитимным Собором. Делегаты от церквей, светских властей и от университетов остались в Базеле. В Ферраре, а затем во Флоренции заседали в основном итальянские епископы. Из иностранцев присутствовали несколько священников, работавших в курии и представлявших на Соборе только самих себя, а не делегировавшие их земли. Даже англичане, в пику французам сразу признавшие Собор в Ферраре, своих делегатов не прислали, сославшись на денежные трудности. Евгению IV ещё предстояла долгая борьба за признание своих прав как главы католической церкви. Его главным козырем станет подписанный договор с Византийской церковью.