Возможно, во время осады Замка Святого Ангела Клименту VII пришла идея поместить в Сикстинской капелле изображение Страшного Суда. Хотя грозить возмездием во время его понтификата было много кому, не только войскам Карла V. Вся Священная Римская империя внимала призывам Мартина Лютера и была на грани принятия нового христианства. Город Базель в очередной раз оказался сосредоточением духовного сопротивления католицизму и предоставлял убежище всем противникам папской власти. В 1534 году английский парламент объявил короля Генриха VIII главой английской церкви и тем самым вывел английскую церковь из-под контроля папы римского.
В июле 1533 года Микеланджело получил письмо, в котором ему сообщалось, что Климент VII собирается поручить ему работу, о которой художник не мог и мечтать. В конце сентября того же года Микеланджело обсудил проект картины с папой и выразил своё согласие. Когда Микеланджело прибыл в Рим в сентябре 1534 года, всего за несколько дней до кончины Климента VII, он узнал, что фрески Перуджино смыты. Климент VII, он же Джулио Медичи, был сыном Джулиано Медичи, и, вполне вероятно, им руководило нежелание оставлять потомкам изображение человека, повинного в убийстве его отца. Глубоко личные причины и ход исторических событий, над которыми Климент был не властен, определили судьбу шедевра Микеланджело.
Климент VII умер, но контракт остался в силе. Летом 1536 года Микеланджело приступил к работе. Через семь лет в Сикстинской капелле появился «Страшный Суд».
Michelangelo's Last Judgment. Masterpieces of Western Painting. Ed. B. Hall, Cambridge and New York, Cambridge University Press, 2005