Первый вопрос, поднятый Дугом, касался тестов качества воды, используемой инспекторами на объекте контроля. Дуг представил это как проблему растущей политической чувствительности — советская пресса расспрашивала американских инспекторов об использовании ими импортной воды во время Дня открытых дверей. Но реальность такова, что у инспекторов были законные опасения по поводу здоровья, когда речь заходила о воде, поставляемой им.

Американские инспекторы были обеспокоены качеством воды с того момента, как они прибыли в Воткинск в июле 1988 года. В качестве меры предосторожности инспекторам было дано указание кипятить воду перед употреблением в ожидании результатов тестов, проведенных на пробах воды, которые были взяты во временном жилищном объекте, в районе места, где проводился контроль, и в роднике рядом с временным жилищным объектом, используемым инспекторами в качестве источника воды. Эти первоначальные образцы были взяты также и доктором Райаном, который выполнял обязанности врача со 2 по 15 июля 1988 года в составе команды Гилер. Доктор Райан проверил образцы медицинскими властями на авиабазе Рейн-Майн в Западной Германии, которые обнаружили, что во всех трех случаях вода была загрязнена многочисленными «неспецифическими культурами», которые можно было устранить кипячением воды.

Полковник Коннелл, в то время командовавший на месте, был недоволен методологией, используемой при отборе и оценке образцов, и приказал провести повторный отбор проб, который был взят из Воткинска доктором Кноделем, заменившим доктора Райана, когда команда Готро сменила команду Гилера в середине июля 1988 года. Эти образцы были оценены лабораторией гигиены окружающей среды ВВС США на авиабазе Линдсей, Западная Германия, которая также обнаружила, что вода загрязнена культурами, которые можно удалить кипячением.

В то время как вторая проба воды была отправлена из Воткинска в августе 1988 года, OSIA получила результаты только в середине декабря 1988 года. Задержка привела к отправке третьей пробы воды, взятой из водопроводных кранов, которыми пользовались американские инспекторы на объекте в начале декабря. Hughes взял на себя ответственность за этот тест, который был заключен по контракту с компанией Battelle Europe для анализа. В отличие от результатов, полученных в двух предыдущих образцах, в образце Баттелле были обнаружены высокоопасные концентрации полихлорированных дифенилов, или ПХД, искусственного химического вещества, устойчивость которого к экстремальным температурам и давлению сделала его популярным для использования в электрооборудовании, таком как конденсаторы и трансформаторы, а также в качестве гидравлической жидкости и смазочных материалов. ПХД были запрещены в Соединенных Штатах в 1979 году из-за опасности, которую они представляли как для здоровья человека, так и для окружающей среды. Однако Советский Союз продолжал широко использовать это химическое вещество, что объясняло присутствие ПХД в пробе воды Баттелле на уровне 85,5 части на миллиард, что значительно превышает стандарт в 1 часть на миллиард, действовавший в то время в Министерстве обороны для грунтовых вод (этот стандарт с тех пор был пересмотрен до 5 частей на миллиард).