Поскольку ПХД нельзя было удалить из воды кипячением, американские инспекторы были немедленно уведомлены о необходимости прекратить потребление воды на объекте. Были приняты меры по отправке в Воткинск достаточного количества бутилированной воды и безалкогольных напитков, чтобы обеспечить каждого инспектора двумя литрами воды и двумя банками газировки в день, до тех пор пока на объекте контроля не будет установлена система фильтрации воды.

Чтобы спроектировать систему фильтрации воды для конкретных условий водоснабжения, компания Battelle попросила использовать специальный набор для тестирования воды и сбора проб, которые затем будут использоваться их персоналом для точной настройки конкретных требований к фильтрации. После консультаций с Анатолием Томиловым полковник Коннелл решил, что все будущие пробы воды будут проводиться совместно с Советами, и распорядился доставить два тестовых набора, один из которых будет возвращен Battelle для оценки, а другой будет передан Советам для их собственного независимого анализа. Отбор проб проводился под наблюдением заводского персонала, а американский образец был отправлен с выездной ротацией в апреле 1989 года. Однако этот образец был изъят советскими властями в Москве, которые заявили, что образцы были собраны в нарушение договора, несмотря на то что они были собраны совместно с персоналом завода в Воткинске.

Когда американские инспекторы опротестовали этот захват советским офицерам из Центра по уменьшению ядерной опасности, им сообщили, что вопрос о пробах воды в Воткинске относится к компетенции Министерства оборонной промышленности, а не Министерства обороны. Когда инспекторы указали, что пробы воды были взяты в присутствии и с разрешения персонала с Воткинского завода — дочернего предприятия Министерства военной промышленности — им было сказано обсудить этот вопрос с руководством завода. Начальник 162-го отдела Анатолий Томилов был проинформирован о ситуации и выразил удивление. Однако, как только он связался со своим начальством в Москве, он промолчал по этому вопросу, сказав только, что этот вопрос будет решаться его начальством. (Очевидно, со стороны КГБ были опасения, что пробы воды могут раскрыть секреты, касающиеся производственных процессов, используемых на заводе окончательной сборки ракет, в некоторых из которых использовались ПХД. Советский образец был изъят властями для последующей оценки.)

Теперь, примерно два месяца спустя, Дуг Энглунд давил на Томилова и Соколова, требуя ответа. Вопрос о разрешении Министерства промышленности на экспорт изъятых проб воды в настоящее время является спорным, поскольку пробы, которые были собраны с использованием специализированных наборов, требующих охлаждения, давно испортились. Однако, даже если бы были доставлены новые комплекты и взяты новые образцы, для продолжения работы США требовалось одобрение Министерства оборонной промышленности. Сначала Соколов отрицал, что ему что-либо известно о пробе воды, находящейся в распоряжении Советов; позже он изменил свою позицию, отметив, что местная советская лаборатория не может провести анализ на наличие ПХД. Томилов пообещал, что займется расследованием этого вопроса, когда посетит Москву на следующей неделе. Тем временем Дуг сообщил Советам, что инспекционная группа начнет предварительную подготовку к установке системы очистки воды на кухне Рузвельта — шеф-повару Hughes нужна была питьевая вода в достаточном количестве, чтобы обеспечить участок свежеприготовленными блюдами.