В августе 1968 года перестрелки произошли в Детройте и Лос-Анджелесе, осенью того же года полиция брала штурмом офисы «Пантер» в Идиа-наполисе, Детройте, Сиэтле, Окленде, Денвере, Сан-Франциско, Нью-Йорке. 2 апреля 1969 года ФБР и полицейские органы ряда штатов одновременно задержали 21 боевика этой организации по подозрению в подготовке серии взрывов на федеральных железных дорогах. В мае 1969 года в офисе «Пантер» в Нью-Хейвене (штат Коннектикут) внедренный в движение провокатор ФБР Джордж Сэмз застрелил одного из боевиков «Пантер», обвинив того… в сотрудничестве с полицией! Убийство произошло на глазах у Роберта Сейла, незадолго до того отпущенного из чикагской тюрьмы под залог. Его присутствие на месте преступления дало властям повод для нового ареста лидера «Пантер» — уже по обвинению в подстрекательстве к убийству.

В июле 1969 года «Пантеры», засевшие в своей штаб-квартире в Лос-Анджелесе, почти час отстреливались от штурмовавших ее полицейских; 4 декабря того же года темнокожие боевики «Пантер» в Чикаго на протяжении пяти часов держали оборону от атаковавших их офис 40 агентов ФБР. В этой перестрелке были убиты главы отделений «Пантер» Фред Хэмптон из штата Иллинойс и Марк Кларк из Чикаго; пятеро их товарищей получили ранения и позднее были осуждены, получив разные сроки.

7 августа 1970 года симпатизировавший «Пантерам» 17-летний темнокожий юноша Джонатан Джексон в одиночку напал на здание суда в городке Сан-Рафаэль под Сан-Франциско. Взяв в заложники белого судью и четверых белых присяжных, которым предстояло рассмотреть уголовное дело группы негров, Джексон передал подследственным револьверы — и потребовал обменять заложников на своего 18-летнего брата, активиста «Пантер» Джорджа Джексона и еще двух негров, уже отбывавших тюремное заключение.

Однако местная полиция попытались с ходу освободить заложников. В завязавшейся перестрелке погиб сам Джонатан Джексон, два помогавших ему темнокожих уголовника и белый судья. Вскоре эта трагедия получила неожиданное продолжение. В ФБР дознались, что Джексон был телохранителем известной темнокожей общественной деятельницы и адвоката «Пантер» Анджелы Дэвис и что при захвате суда он использовал принадлежавший ей револьвер. Несмотря на заверения Дэвис, что Джексон действовал без ее ведома, а револьвер выкрал из ее сумки, власти штата Калифорния обвинили ее в «соучастии в особо тяжком преступлении». 13 октября 1970 года Анджела Дэвис была арестована.

Всего с 1967 по 1970-й год полиция и ФБР арестовала 469 участников движения «Черных пантер», многие из которых затем были приговорены к длительным срокам заключения: 74 активиста организации получили в сумме 2594 года лишения свободы. В тот же период между «пантерами» и силами правопорядка произошло 48 перестрелок, в которых погибло 12 полицейских и 10 темнокожих американцев. Все это дало основания главе ФБР Эдгару Гуверу заявить в 1969 году: «Сегодня «Черные пантеры» являются внутриполитическим врагом Америки номер один».