Несколько позднее при АН СССР для разработки научной программы полета был создан специальный Лунный комитет.

Первоначально старт Н-1 планировался на 1963 год. Это был совершенно нереальный срок. Человек едва шагнул в космос, всего лишь несколько одноместных кораблей облетели Землю - и вдруг сразу лунная экспедиция. Следовало сначала накопить опыт полетов, решить ряд серьезных технических проблем. Поэтому сроки начала работ над сверхмощной ракетой постоянно сдвигались, в первоначальный проект вносились существенные изменения. Только в ноябре 1966 года, уже после смерти С.П.Королева, специальная экспертная комиссия во главе с президентом АН СССР М.В.Келдышем утвердила эскизный проект лунной экспедиции.

Предполагалось создать мощную ракету Н-1 с грузоподъемностью 95 тонн и двухместный пилотируемый корабль Л-3. Это позволяло в специальном посадочном модуле доставить на поверхность Луны одного из космонавтов, оставив второго в орбитальном корабле на окололунной орбите. После выполнения программы работ на Луне, посадочный модуль стартовал в космос и стыковался с орбитальным кораблем. Затем оба космонавта на борту корабля Л-3 возвращались на Землю. В феврале 1967 года было принято постановление правительства о графике работ по реализации лунного проекта. Первый старт ракеты Н-1 был намечен на второй-третий квартал 1967 года. Высадка советского космонавта на Луну планировалась на второе полугодие 1968 года.

Однако производство не поспевало за планами. Хотя производственные работы над ракетой Н-1 (или, как ее еще называли, изделием N 52) начались в сентябре 1963 года на одном из заводов в Куйбышеве и на космодроме Байконур с постройки двух огромных цехов общей сборки, первые несколько ракет удалось подготовить к старту только в конце 1968 года. Одной из причин двухгодичного отставания от графика явилась плохая организация работы как самих заводчан, так и их смежников. Иногда узлы и детали ракеты-носителя доставлялись на космодром без запасных частей и малейшая поломка останавливали проведение сборочных операций. Специальный самолет Ил-18 приходилось регулярно гонять то в Куйбышев, то в Подмосковье за недостающими частями.

Сильно подводили и смежники. Детали и узлы для Н-1 делали более 500 организаций 26 различных ведомств. Единого центра по руководству технологической подготовкой лунной программы не было, задания давались заводам часто не по профилю, поставки срывались. Как вспоминал позднее Главный конструктор Н-1 В.П.Мишин, зачастую даже министр с министром не могли договориться. Существовавшая в нашей стране командно-административная система управления народным хозяйством еще раз продемонстрировала свою неэффективность и неповоротливость.