Когда вернувшиеся в Петроград министры 2 июля доложили коллегам об итогах переговоров с Радой, возмущенные кадеты вышли из правительства, что положило начало июльскому политическому кризису в Петрограде. Оставшиеся министры признали Генеральный секретариат высшим органом управления региональными делами, назначаемым Временным правительством по согласованию с Центральной радой. Последней предлагалось разработать проект национально-территориальной автономии для утверждения правительством. В ответ 3 июля Центральная рада приняла свой Второй универсал, где подтвердила. что «всегда стояла за то. чтобы не отделять Украину от России», и сообщила об уступках Временному правительству, которое получало право утверждения состава Генерального секретариата в Петрограде. Законодательство о национально-территориальной автономии должно было приниматься всероссийским Учредительным собранием. Треть депутатов Рады выступили против этих уступок. После дополнения Рады представителями национальных меньшинств (около трети ее состава, 18 членов Малой рады). Генеральный секретариат также был реорганизован на многоэтничной основе, хотя украинцы сохранили в нем ведущие позиции.

9 августа в Центральную раду вступили и большевики, которые заявили: «Вступая в Центральную украинскую раду, мы здесь будем вести неуклонную борьбу с буржуазией, буржуазным национализмом и будем звать рабочих и крестьян Украины под красное знамя Интернационала для полной победы пролетарской революции».

Пока в Петрограде бушевали политические страсти, свой июльский кризис произошел и в Киеве. Украинизированный полк имени Полуботка отказался выступать на фронт по приказу военного секретаря С. Петлюры, и 5 июля захватили ключевые объекты города. С трудом удалось вернуть солдат в казармы и затем отправить на фронт.

Лидеры Центральной рады подготовили проект устава Генерального секретариата, регулирующий его полномочия, то есть, таким образом — сферу украинской автономии. В уставе говорилось и о Центральной раде как органе революционной демократии всех народов Украины, который служит утверждению автономии Украины и ведет подготовку к Российскому и Украинскому учредительным собраниям. Таким образом, лидеры Центральной рады пытались легитимизировать не только Генеральный секретариат, но и права Рады, а также идею Украинского учредительного собрания. 15 июля В. Винниченко в сопровождении министров X. Барановского и М. Рафеса отправился утверждать состав Генерального секретариата и его устав в Петроград. Там украинцы встретили холодный прием.