При расстреле, докалывании полуживых жертв штыками предметы туалета женщин, подушки Демидовой продырявились, часть драгоценностей вывалилась в комнате казни или при переноске трупов. Поняв, что в одежде жертв имеются драгоценности, палачи, наспех обыскивая трупы, кое-что извлекли. Увидев расхватывание ценностей подчиненными, Юровский потребовал их немедленной сдачи, часть из них была сдана, часть утаена. Драгоценности обнаруживали бойцы оцепления, визовские каратели Ермакова по прибытии грузового автомобиля в район захоронения. Произошло то же, что и в доме Ипатьева: стихийное расхищение драгоценностей и последующее их (конечно, не полное) отнятие чекистами под угрозой суровой расправы. Затем полное раздевание трупов, кроме мальчика Алексея (на нем оставалась только матроска), новое извлечение драгоценностей, складывание их в фуражку Юровского. По словам Юровского, их «набралось около полупуда»⁷. И вновь сказалась спешка: часть драгоценностей оставалась в одежде, которую бросали в костер, или рассыпалась, втаптывалась в землю, глину. Некоторые из них нашли тогда же, другие позднее обнаружили в пепле костра крестьяне ближайшей деревни Коптяки. Лишь некоторая часть ценностей была ими не утаена, а сдана властям. Ценности находили потом и участники следственной группы белых. Драгоценности и прочие предметы опознавались Т. И. Чемодуровым и другими придворными, привлеченными к делу следствием⁸.

Снятые с трупов, извлеченные из одежды, поднятые с пола в комнате расстрела, с почвы у шахты драгоценности были лишь малой частью сокровищ Семьи. Одновременно с казнью, погрузкой тел убитых в «Фиат» производились обыск и изъятие ценностей в комнатах, где содержалась Семья Николая II и другие заключенные. Но искали не только драгоценности. Не меньшее значение имели документальные материалы. Этот обыск производился уполномоченным центра А. Е. Лисицыным и его людьми. Как отмечалось, даже чекисты — члены команды внутренней охраны, не участвовавшие в расстреле, были отправлены в полуподвал, а вход оттуда на второй этаж был закрыт. Охранник Ф. П. Проскуряков, привлеченный для замывания от крови пола и стен в комнатах (нижнего этажа), показывал, что и в это время вход в верхний этаж был еще закрыт⁹. Разумеется, 358 начальствующие лица через парадный, особо охраняемый вход, могли входить и поднимались на второй этаж. К раннему утру, вскоре после увоза трупов, когда чекисты из команды внутренней охраны, в том числе участники расстрела, поднялись на второй этаж, они обнаружили там нечто необычное. В. Н. Нетребин отмечал, что когда он пошел по комнатам, то пришлось шагать «по толстому слою разнообразных вещей», там был «полный хаоса»¹⁰. Кто-то за считанные час-два основательно похозяйничал, производя тщательный обыск.