Г. И. Челпанов с полным удовлетворением встретил доклад А. А. Крогиуса на Первом съезде, в котором отрицалась необходимость связи психологии с естествознанием. Отметив, что «психология отделяется от естествознания резкою гранью как в смысле объекта, так в смысле исходной точки и метода исследования» (Труды., 1906, с. 39), стремясь утвердить пошатнувшиеся принципы интроспекционизма, докладчик вернулся к старым призывам отмежевать психологию как науку о душе от наук о природе и признать основным ее методом интроспекцию. Полностью одобрив предложения Крогиуса, Челпанов противопоставил их сеченовской программе развития психологии.

В докладе «Задачи современной психологии» на Втором съезде по педагогической психологии Челпанов рассматривал ценность различных методов для психологии, определяя это как программный вопрос жизненной важности. Он утверждал, что применение экспериментальных методов ничего не отвергает из прежних воззрений и не исключает способов исследования, которые издавна были приняты в психологии. Не существует коренного различия между экспериментальным исследованием и самонаблюдением. Если экспериментом называть наблюдение произвольно вызванного явления в произвольно изменяемых условиях, то эксперимент может применяться в самонаблюдении, так как «мы можем вызывать искусственно те или иные состояния» сознания и изменять их по произволу (Труды., 1909, с. 59). Все изменения можно производить во внутреннем опыте без какого-либо воздействия извне. Так, выбрасывая из понятия эксперимента все его действительное содержание, утверждая существование внутреннего опыта и отказываясь от признания детерминированности психического внешним миром, Челпанов заключал, что в психологии самонаблюдения тоже применялся эксперимент.

«Нельзя самонаблюдение устранить из психологии, — говорил Челпанов. — Оно всегда лежит в основе и экспериментального и так называемого объективного изучения психических явлений» (там же, с. 61). Он заявлял, что не видит принципиальной разницы между двумя способами исследования: один, использующий объективный метод, применяемый экспериментальной психологией, можно назвать «внешним экспериментом», другой, опирающийся на субъективный метод, можно назвать «внутренним экспериментом».

Челпанов ссылался на недавно появившиеся экспериментальные исследования мышления Вюрцбургской лаборатории, в которых главную роль играет самонаблюдение. Эти исследования он считал особо важными в методологическом отношении. В статье, опубликованной незадолго до съезда в журнале «Вопросы философии и психологии», Челпанов писал, что эти исследования показали «возможность мышления, не зависящего от представлений и ощущений, а так как ощущения и представления получаются через посредство тела, то возможность мышления, не зависящего от представлений и ощущений, может быть, служит подтверждением того взгляда, что душа может не только действовать, но и существовать независимо от тела» (Челпанов, 1909в, с. 29–30). Доклад Челпанова был воспринят участниками съезда как выступление против экспериментальной психологии.