В то же время Челпанов поднял на съезде важный вопрос об отношении теории и эксперимента, усматривая здесь опасную тенденцию к отрыву психологического эксперимента от теории и стремление выделить экспериментальные исследования в особую дисциплину — экспериментальную психологию. Считая вредным такой разрыв, он указывал, что представление о независимости эксперимента от теории ошибочно, собственно экспериментальной психологии не существует, есть только экспериментальные методы исследования. «Надо покончить, — подчеркивал он, — с противопоставлением психологии экспериментальной психологии теоретической» (там же, с. 65). Отсюда он делал вывод, что нельзя заводить лаборатории там, где нет специалистов-психологов. Имелись в виду, конечно, школьные лаборатории, организованные учителями. Отсутствие теоретической подготовки у учителей сделает их работу бесплодной, приведет к собиранию никому не нужного материала.

Большинство участников съезда высказывались за объективный метод в психологическом исследовании и отвергли предложения Челпанова о прекращении экспериментов в педагогической психологии. Один из участников Первого съезда В. Е. Игнатьев назвал вопрос об эксперименте краеугольным для съезда и сказал, что лишь объективный метод позволяет подойти к исследованию ребенка, поскольку самонаблюдение тут невозможно. А. Н. Бернштейн, возглавивший после смерти А. А. Токарского психологическую лабораторию при психиатрической клинике Московского университета, выражая мнение врачей-клиницистов, отмечал, что единственно возможным в клинике является объективный метод, так как ни к больным, ни к детям самонаблюдение не может быть применено.

Выступления Челпанова в полемике на съездах были восприняты участниками дискуссии как защита традиционной официальной психологической науки. Ц. П. Балталон, возражая Г. И. Челпанову, заявил, что за его словами скрывается не беспокойство о судьбах экспериментальной психологии, а желание связать тесными узами ее с философией, со старинной философской психологией, а с этой главной идеей докладчика согласиться никак нельзя. А. Н. Кремлев выразил убеждение, что «вражда между экспериментальной и теоретической психологией есть только яркое и цветное отражение широкой и общей борьбы между идеализмом и материализмом в науке» (Труды., 1906, с. 43).

Большинство участников съезда поддержали нечаевцев. Несмотря на свои методические ошибки, последние отстаивали экспериментальную психологию, объективные методы. Их преимущество заключалось в том, что они шли навстречу жизни, практике, запросам времени. Поэтому вместе с нечаевцами против интроспекцио-низма и челпановского требования блюсти интересы чистой науки выступили такие психологи-экспериментаторы, как В. М. Бехтерев и А. Ф. Лазурский.