Широко обсуждалась в журнале в то время еще одна философско-психологическая проблема — свобода воли. Рассматриваемая в философии в связи с вопросом о свободе и необходимости в природе и человеческом обществе, а в религиозных учениях как нравственно-этическая, в психологии она связывалась с активностью сознания и мотивацией деятельности человека. Пропаганду взглядов о свободе воли вели Грот, Челпанов, Лосский, Лопатин, а также религиозные деятели. Внимание к этой проблеме было привлечено и обстоятельствами, связанными с учением Сеченова. Отрицание Сеченовым свободы воли было одной из причин, по которой цензура запретила печатать «Рефлексы головного мозга» в журнале «Современник», а затем стало поводом к аресту отдельного издания этой работы. Интерес к психологической стороне данной проблемы долго не остывал среди самых широких кругов интеллигенции.

Вопрос о свободе воли стал предметом открытой полемики в Московском психологическом обществе в 1887–1889 гг. С докладами о воле выступали Н. Я. Грот, Н. В. Бугаев, Л. М. Лопатин, Н. А. Зверев, П. Я. Астафьев. В прениях участвовали представители разных наук. На одном из собраний выступил Л. Н. Толстой. Доклады и выступления публиковались в ВФиП, а также в специальном выпуске Трудов Московского психологического общества (Труды., 1889).

В ВФиП было напечатано экспериментальное исследование Ланге «Элементы воли» (1890, кн. 4). Ученый следовал ведущей для него идее о том, что всякий психический процесс возникает в деятельности человека и включает двигательный компонент. Решение вопроса о воле он сводил к двум положениям: волевые явления протекают вне сознания, а сознательные волевые решения — второстепенное ощущение, сопровождающее уже совершенное действие. Челпанов резко возражал Ланге (1891, кн. 7), который не менее резко ответил ему (1891, кн. 8). Затем Челпанов поместил «Возражение на предыдущую заметку» (там же). Он был не согласен с выводами Ланге и ссылался на учение Вундта об апперцепции, которое отвергал Ланге. Решая проблемы деятельности и развивая свою теорию воли, Ланге объективно оказывался на стороне Сеченова, хотя в своих трудах не упоминал о нем.

Психологические работы Сеченова, посвященные доказательству отражательной сущности ощущений, подверглись критике. Философ Э. Л. Радлов в статье «Натуралистическая теория познания (по поводу статей проф. И. М. Сеченова)» (ВФиП, 1894, кн. 25) стремился посеять недоверие к философским заключениям ученого. В те годы даже противникам Сеченова было ясно, что поколебать его авторитет как крупнейшего физиолога невозможно, поэтому оставалось только уверять, что натурализм «бессилен в гносеологии», а «значение рассуждений проф. Сеченова, умаляется в значительной мере тем обстоятельством, что он. исходит из догматических предположений». Под «догматическими предположениями» подразумевались материалистические взгляды Сеченова.