После съездов полемика снова перешла на страницы ВФиП. Программный доклад Челпанова «Задачи современной психологии», сделанный им на II съезде психологов, был напечатан затем в ВФиП (1909, кн. 99). Челпанов усмотрел существенный недостаток экспериментаторов в том, что они мало задумываются над методологией и отрывают экспериментальную практику от теории. Его программа сводилась к тому, что надо подчинить экспериментальную психологию философской, которая и должна исследовать общие законы духа; необходимо устранить разрыв между теорией и экспериментальной практикой. В своем докладе он ссылался на исследования вюрцбургской школы. При публикации доклада в ВФиП Челпанов сделал много дополнений и подвел итоги работы съезда. Его оценка отличалась от той, которая была сделана председательствовавшим на съезде Бехтеревым. Челпанов считал, что нельзя говорить о победе экспериментальной психологии, как утверждали большинство участников съезда. Это покажет дальнейшее развитие науки. Нечаев же на замечания Челпанова ответил статьей «К вопросу о съезде по педагогической психологии и комментариях Г. И. Челпанова» (1909, кн. 100). Там же была напечатана новая статья Челпанова «Нужны ли психологические лаборатории для самостоятельных исследований при средних учебных заведениях? Ответ А. П. Нечаеву». В ней вновь повторялись возражения против школьных психологических лабораторий и массовых экспериментов, проводимых учителями, не имеющими специальной подготовки.

Утверждая важность философских основ психологической теории, Челпанов с легкостью менял свои философские позиции, переходя от неокантианства к махизму. В статье «О предмете психологии», напечатанной в ВФиП (1908, кн. 98), он давал махистскую трактовку двух опытов — внешнего и внутреннего — и определял предмет психологии, создавая видимость согласия с естествознанием. Челпанов говорил о неких первоначальных содержаниях, которые приводятся в соответствие с представлениями субъекта или с вещами, не зависящими от субъекта. В первом случае получается предмет психологический, а во втором — представление вещей. Махистские идеи Челпанов пропагандировал в университетском курсе психологии. Несколько лет спустя он стал защитником идей Гуссерля и разработал аналитический метод, сущность которого, по его мнению, заключалась в априорности, позволяющей непосредственно и неопровержимо раскрывать данные внутреннего опыта и отношения между переживаниями. Аналитический метод должен составлять основу всех видов психологического исследования, в том числе экспериментального.