В процессе общения с основателем психоанализа Эмма Юнг почувствовала, что Фрейд не будет в восторге от опубликованной части работы мужа. Спустя какое-то время после возвращения основателя психоанализа в Вену она осмелилась написать ему несколько писем, чтобы, пояснив некоторые обстоятельства, предотвратить недопонимание, которое возможно между ним и ее мужем.

В этих письмах Эмма Юнг писала о том, что ее муж с нетерпением ждал отзыва Фрейда о своей работе, с тревогой ожидал его реакции на нее и что в своем труде, являющемся, по ее словам, самоанализом, Юнг хотел избавиться от отцовского комплекса и испытывал сильное сопротивление против написания ее второй части.

«Вы можете думать, что я обрадована и польщена доверием, которое Вы испытываете к Карлу, но мне кажется, что порой Вы ждете от него слишком многого: не видите ли Вы в нем больше, чем просто исследователя и соратника? Разве не бывает часто, что многое дарят, потому что хочется многое сохранить? … И не думайте о Карле с чувством отца: “Он вырастет, а я должен буду сойти”, а думайте как о человеке, который, как и Вы, должен следовать своему собственному закону».

Эмма Юнг не только поддерживала своего мужа, но и разделяла его идеи. Вместе с ним она участвовала в работе третьего Психоаналитического конгресса, состоявшегося в Веймаре в сентябре 1911 года. Несколько лет спустя она стала Президентом исполнительного комитета Психологического клуба. Разделяя его учение, она применяла на практике его психотерапевтические разработки.

Однако ее семейная жизнь с Юнгом не отличалась эмоциональной устойчивостью, особенно после того, как ее муж стал придерживаться полигамных отношений. Став матерью пятерых детей (помимо Агаты, Анны и Франца, в 1910 году на свет появилась дочь Марианна, а в 1914 году – дочь Эмма), она была вынуждена принять тот образ жизни, который вел Юнг.

Эмма Юнг не только знала об отношениях своего мужа с молодой Тони Вольф, но и мирилась с подобным положением. Тони Вольф проводила воскресные дни вместе с семьей Юнга в их доме в Кюснахте, а Юнг ездил по вечерам в среду в Цюрих к Вольф.

Юнг не афишировал свои отношения, касающиеся необычного тройственного союза, но, судя по всему, и не скрывал их от тех, кто проходил у него анализ и кто поддерживал его в финансовом отношении. Во всяком случае в августе 1916 года он пригласил американского пациента Гарольда Маккормика разделить с ним часть отпуска в компании вместе со своей женой и Тони Вольф.

Присоединившийся к этой компании Гарольд не только был в восторге от того, как естественно вел себя Юнг, но и пришел к мысли, что для достижения всеобщего согласия и удовольствия требуется высокая степень независимости и нет никакой необходимости оставаться все время с женой.