Два года спустя вирус H5N2 вновь появился в слабовыраженной форме в Массачусетсе, Нью-Джерси, Огайо и снова в Пенсильвании,²²⁹⁹ дойдя, таким образом, до рынков по продаже живой птицы в Нью-Йорке. Исследование таких рынков в 1986 году показало, что сорок восемь из них стали укрытием для вируса.²³⁰⁰ На этом основании исследователи могли предположить, что, возможно, рынки живой птицы стали критической точкой смешения, в результате чего и случилась первая эпидемия в Пенсильвании.²³⁰¹

Несмотря на периодический карантин, депопуляцию, очистку и дезинфекцию, на протяжении многих лет все усилия по ликвидации вирусов птичьего гриппа с рынков живой птицы были напрасны.²³⁰² В 2004 году вспышка высокопатогенного вируса H5N2 была обнаружена в Техасе, в стае с семитысячным поголовьем цыплят-бройлеров. Владелец фермы просто привез курицу с рынка живой птицы в Хьюстоне.²³⁰³ Учитывая, что истоки вспышек в Гонконге, США²³⁰⁴ и Италии находили на рынках живой птицы,²³⁰⁵ исследователи птицеводства USDA считают их «недостающим звеном в эпидемиологии птичьего гриппа».²³⁰⁶

Первый случай заражения птичьим гриппом в США произошел в 2002 году. Вирус H7N2 вызвал более двухсот вспышек на массовых производствах по выращиванию куриц и индейки сначала в Вирджинии, а затем в Западной Вирджинии и Северной Каролине, что привело к гибели почти пяти миллионов птиц.²³⁰⁷ Это был вирус с низкой патогенностью, который, как считалось, мог вызывать только одну инфекцию у человека,²³⁰⁸ но генетический анализ показывает, что он мутирует в сторону большей вирулентности.²³⁰⁹

В 2003 году в больницу Нью-Йорка поступил пациент с симптомами респираторного заболевания, однако позже у него подтвердился вирус птичьего гриппа H7N2. Несмотря на серьезное заболевание, пациент выздоровел и через несколько недель вернулся домой.²³¹⁰ К тому году вирус уже охватил миллионы курятников с бесконечными клеточными батареями в Коннектикуте и Род-Айленде,²³¹¹ что, как признают эксперты отрасли, «подтверждает уязвимость яичного производства».²³¹² Эксперт МЭБ Илария Капуа описала, насколько «сложно» содержать в чистоте промышленное яичное производство с клеточными батареями и предотвращать распространение вируса между фермами через яйца, лотки для яиц и оборудование. «Мы считаем, – сказала она на Пятом международном симпозиуме по птичьему гриппу, – что когда инфекция попадет в цепь, она будет распространяться внутри нее. Она попадает в струю».²³¹³

Как выяснилось, вирус H7N2 в США распространялся через рынки живой птицы. Были подозрения на вспышки на рынках в Пенсильвании (1996,²³¹⁴ 1997, 1998, 2001 и 2002²³¹⁵ годы), Вирджинии (2002 год),²³¹⁶ Коннектикуте, Род-Айленде (2003 год) и Делавэре (2004 год).²³¹⁷ Вспышка в Делавэре, на ферме, где содержалось более восьмидесяти пяти тысяч кур, распространилась в Мэриленд, ее смогли ликвидировать, однако она успела убить более четырехсот тысяч птиц.²³¹⁸ Непосредственные данные эпидемиологических исследований указывают на взаимосвязь грузовиков для перевозки птиц на рынки и пострадавших фермерств, на которых клинические признаки заболевания начинали проявляться спустя неделю после транспортировки.²³¹⁹ Грузовики доставляют птиц с ферм на рынки, собирают пустые грязные ящики, а затем возвращаются на фермы. Ученые USDA считают, что, вероятнее всего, ящики или грузовики не полностью продезинфицировали от потенциальных миллиардов инфекционных частиц, которые есть при любом инфекционном фекальном загрязнении.²³²⁰