Никита Романович оказался самым плодовитым в роду Захарьиных. От двух жён — Варвары Ивановны Ховриной и Евдокии Александровны Горбатой-Шуйской — он имел пятерых сыновей и пятерых дочерей (Фёдора, Михаила, Александра, Василия, Ивана, Анну, Евфимию, Ульяну, Марфу и Ирину). Из них только Ульяна умерла в младенчестве, в 1565 году. Старшая дочь Анна была выдана замуж за князя Ивана Фёдоровича Троекурова. Рюриковичи Троекуровы вели свой род от ярославских удельных князей.

Иван и Анна Троекуровы нажили двоих детей — Бориса и Марину. 6 декабря 1586 года Анна Никитична умерла, а И. Ф. Троекуров взял новую жену — Вассу Ивановну.

Дочь Евфимию Никита Романович выдал за князя Ивана Васильевича Сицкого.

Марфа стала женой Бориса Камбулатовича Черкасского. Он был сыном кабардинского владетеля Камбулата — родного брата Темрюка, отца Марии — второй жены Ивана Грозного. Два сына Камбулата — мурзы Хокяг и Хорошай — приехали на службу в Москву, крестились и получили имена Гавриил и Борис Камбулатовичи. В 1592 году Борис становится боярином. У Марфы Никитичны и Бориса Камбулатовича было трое детей — Иван, Ирина и Ксения. Иван при царе Михаиле стал боярином, Ирина выдана за боярина Фёдора Ивановича Шереметева, а Ксения — за Ивана Дмитриевича Колычева.

Младшая дочь Никиты Романовича Ирина вышла замуж за боярина Ивана Ивановича Годунова. Потомства у них не было.

Наиболее выдающейся личностью из большой семьи Никиты Романовича стал его старший сын Фёдор. Он был красив и статен. Он, по-видимому, первым из московской знати стал брить бороду и носить короткую причёску. О щегольстве Фёдора и уменье одеваться иностранные послы говорили, что если московский портной хотел похвалить свою работу заказчику, то он говорил: «Вы теперь одеты, как Фёдор Никитич».

В 1586 году Фёдор прямо из рынд прыгнул в бояре. В 1590 году он женился на Ксении Ивановне. В торжественном обряде венчания участвовали сам царь Фёдор и боярин Борис Годунов. Остаётся лишь единственный вопрос — на ком женился Фёдор Никитич и кто мать царя Михаила? Об этом уже свыше трёхсот лет спорят историки. Имя и отчество невесты точно известны, вопрос только в фамилии.

Ряд историков XIX века, как, например Б. Филатович, утверждают, что Фёдор Никитич женился на дочери дворянина Ивана Васильевича Шестова. Многие историки (С. М. Соловьёв, С. Ф. Платонов и др.) попросту обходят этот вопрос. На мой же взгляд, ближе всего к истине мнение П. Н. Петрова, автора «Истории родов русского дворянства», который считает женой Фёдора Никитича Ксению Ивановичу Шастунову, дочь князя Ивана Дмитриевича Шастунова. Шастуновы, как уже говорилось, ведут свой род от ярославских удельных князей. Петров писал: «Что же касается предположения о происхождении великой старицы из фамилии Шестовых — потому что жена полкового головы Ивана Васильевича Шестова Марья вдовою уже подвергалась ссылке в 1601 г. в город Чебоксары и там пострижена — это ещё не доказательство в пользу неотменённого родства её с женою Фёдора Никитича Романова. Незнатность при Грозном представителя Шестовых — один из аргументов, говорящих против допущения союза с дочерью полкового головы — двоюродного брата государя, когда род князей Шастуновых, на который указывают издавна как на родственный по матери царю Михаилу описыватели усыпательницы Романовых в Новоспасском монастыре — конечно, составлял более приличную партию.... А что незнатнен был Иван Васильевич Шестов, хотя и храбрый человек, доказывает нахождение подписи его в низшей статье дворян на Земском соборе по поводу предстоящей войны с Польшею, по истечении срока перемирия (2 июля 1566 г.). Неаристократическую же родню в семьи свои не принимала старинная московская аристократия, в XVI веке ещё более надменная, чем после».[87]