Обвинение Романовых в организации государственного переворота Годунову было нецелесообразно, поскольку это произвело бы невыгодное для новой династии впечатление как внутри страны, так и за границей. Поэтому Романовым было поставлено в вину колдовство. Братья Никитичи были отданы на суд Боярской думы. Титулованная знать — Рюриковичи и Гедиминовичи — ненавидели безродных выскочек, как Годуновых, так и Романовых. Надо ли говорить, что сочувствия в Думе Романовы не нашли.

Колдовские процессы над знатью в Западной Европе обычно кончались кострами, и лишь в единичных случаях — плахами и виселицами. Однако Годунов поступил с Романовыми относительно мягко. Фёдора Никитича Романова насильно постригли в монахи под именем Филарет и послали в Антониево-Сийский монастырь. Его жену Ксению Ивановну также постригли под именем Марфа и сослали в один из заонежских погостов. Её мать сослали в монастырь в Чебоксары. Александра Никитича Романова сослали к Белому морю в Усолье-Луду, Михаила Никитича — в Пермь, Ивана Никитича — в Пелым, Василия Никитича — в Яренск, сестру их с мужем Борисом Черкасским и детьми Фёдора Никитича, пятилетним Михаилом и его сестрой Татьяной, с их тёткой Настасьей Никитичной и с женой Александра Никитича сослали на Белоозеро. Князя Ивана Борисовича Черкасского — на Вятку в Малмыж, князя Ивана Сицкого — в Кожеозерский монастырь, других Сицких, Шастуновых, Репниных и Карповых разослали по разным дальним городам.

В царствование Михаила пребывание Романовых в ссылке стало обрастать сказочными подробностями. На Руси всегда любили дураков и мучеников. Поэтому официальная пропаганда тиражировала душераздирающие подробности мучений опальных Романовых.

Так, например, Михаил Никитич Романов был сослан в село Ныроба Пермской волости. В селе имелось всего лишь шесть дворов. Михаила якобы посадили в яму («земляную темницу»). Сверху яма была закрыта настилом из брусьев, засыпанных землёй. В яме была сложена небольшая печь. На Михаила надели тяжёлые кандалы — цепь на шее весила 1 пуд 39 фунтов (32,4 кг), 19 фунтов (7,8 кг) весили ножные кандалы и 10 фунтов (4,1 кг) — замок к ним. Пристав держал узника на хлебе и воде, а местные крестьяне тайно приносили ему вкусную еду. Через несколько месяцев Михаил умер. По приказу Лжедмитрия I тело Михаила было перевезено в Москву и погребено 18 марта 1606 года в Новоспасском монастыре. Тело его оказалось «нетленным». В селе Ныроба был устроен «мемориальный музей» Михаила. Путешественники в XIX веке видели его знаменитые цепи.

Увы, многие историки с иронией относятся к преданию о мучениях Михаила. А С. М. Соловьёв, подробно описавший ссылку остальных Романовых, принципиально не упоминает о Михаиле. Историки задают один и тот же вопрос: если Годунов решил погубить братьев Романовых, то почему он сурово расправился с младшими братьями и создал сравнительно комфортные условия старшему брату Фёдору Никитичу? От себя добавлю — главному заводчику смуты и основному кандидату на престол.