В том же году на Фёдора Никитича Романова, его отца Никиту и дядю Данилу «бил челом в отечестве» (то есть заместничал) Рюрикович князь Ф. А. Ноготков. Царь Фёдор сделал Ноготкову выговор: «...и ты чево дядь моих Данила и Микиту мёртвых бесчестишь?» За своё челобитье Ноготков угодил в тюрьму на пять дней. Правда, по разрядам было сказано, что князю Ф. А. Ноготкову «не доведетца меньше быть боярина Фёдора Никитича Романова», но в следующей росписи воевод «на берегу» Фёдор Никитич Романов уже отсутствует, то есть он не служил «ниже» князя Ноготкова.

Что же касается старого Никиты Романовича, то он постригся в монахи под именем Никона и тихо почил 23 апреля 1586 года.

Разумеется, наибольшую выгоду от устранения Шуйских получил клан Годуновых. Борис постепенно становится правителем государства.

15 мая 1591 года в Угличе при загадочных обстоятельствах погиб царевич Дмитрий. Этот несчастный случай был доведён русскими историками и литераторами до масштабов национальной трагедии. На самом деле в 1591 году смерть Дмитрия для русского государства была рутинным событием. Так, например, беременность царицы Ирины имела на порядок большее значение. Другой вопрос, что правительство провело большую и добросовестную работу по расследованию этого инцидента. Вот бы Миша Романов в 1613—1615 годах сподобился бы провести такое расследование о Гришке Отрепьеве!

Смерть Дмитрия в 1591 — 1600 годах не вызвала никаких волнений в народе. Нет данных даже о боярской крамольной болтовне, к примеру, чтобы кто-то, даже с пылу, обвинил в смерти царевича Бориса Годунова. А ведь система сыска у Бориса появилась задолго до его вступления на трон.

В 90-х годах XVI века Романовы по-прежнему оставались верными союзниками Годунова, вопреки мнению ряда историков. Так, к примеру, В. Н. Балязин утверждал, что Борис «давно уже держит камень за пазухой, собираясь кинуть его в ненавистных Никитичей». При этом он ссылался на голландца Исаака Массу[88], который описал поездку царя Фёдора на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. Царская челядь и боярские холопы были посланы в Троицу заранее, чтобы приготовить места для стоянок, ночлега и отдыха своих господ. Случилось так, что в село Воздвиженское, где находился царский путевой дворец, одновременно приехали холопы Александра Никитича Романова и Бориса Годунова, и им приглянулась одна и та же изба. Завязалась драка, в которой холопы Годунова одержали верх. Побитые романовские холопы нажаловались своему господину, а тот — царю Фёдору.

Фёдор принял сторону Романовых и попенял Борису, сказав, что он часто своевольничает и что это негоже. По словам Массы, Борис Годунов поклялся отомстить за это Романовым.