Итак, царя выбрали без патриарха, но долго ни церковь, ни вся страна не могли обойтись без него. Тем более что в монастыре в Старице томился годуновский патриарх Иов, а в Чудовом монастыре — отрепьевский патриарх Игнатий. Ни тот, ни другой даром не был нужен ни Шуйским, ни Романовым, ни остальным боярам. Первоначально Шуйские хотели пропихнуть в патриархи Пафнутия, но это была столь одиозная личность, что против него ополчились большинство бояр и высшее духовенство. Голицын, Куракин, Мстиславский и другие бояре горой стояли за митрополита Филарета, в котором видели противовес Шуйским. Их нимало не смущало, что Филарет год назад был простым монахом и никогда не интересовался делами церкви.

Неожиданно царь Василий уступил оппонентам и объявил Филарета патриархом, о чём даже было сообщено польским послам. Противники Шуйского объявили его уступчивость трусостью. На самом деле Шуйский, видимо, не без подачи Пафнутия, задумал хитрый ход. Канонизировав погибшего в Угличе царевича Дмитрия и перевезя его мощи в Москву, он достигал сразу нескольких целей: компрометировал династию Годуновых и, таким образом, снимал с себя обвинения в предательстве царя Бориса; прекращал все слухи о чудесном спасении царевича и, главное, удалял из Москвы опасных ему людей — Филарета, Ивана Михайловича Воротынского, Петра Фёдоровича Шереметева и других.

Филарет уже организовал заговор против Шуйского и хотел иметь алиби на случай провала. Итак, желания царя Василия и Филарета совпадали. Сборы были недолгие, и Филарет с большой помпой отправился в Углич.

Филарет выполнил задачу блестяще. 28 мая 1606 года при большом стечении народа был вырыт из земли гроб, сняли крышку, и все увидели пятнадцать лет назад похороненного царевича, «яко жива лежащаго всего нетленна, точию некую часть тела своего, яко некий долг отдаде земли». Заметим, что в XX веке на московских кладбищах через 20 лет после погребения в могиле разрешали делать новое захоронение.

Народ, увидев царевича, в единодушном восторге стал славить нетленные мощи как явное знамение святости Дмитрия. Затем последовали новые чудеса: больные, с верой и любовью касаясь мощей, исцелялись. Затем духовенство и бояре под колокольный звон всех церквей Углича вынесли святые мощи из Спасо-Преображенского собора. Процессия направилась прямо по Московской дороге, пролегавшей в то время близ Николосухпродской церкви. Но, не пройдя и ста метров, процессия остановилась, по угличскому преданию, вследствие чудесного события: святые мощи нельзя было никакой силой сдвинуть с места.