В марте 1602 года Борис Годунов, получив известие о смерти Василия Романова, приказал перевезти Ивана Романова в Уфу. Но Иван Никитич был тяжело болен. 8 мая 1602 года Некрасов сообщил в Москву, что «изменник государев» разболелся «старою своею чёрною болезнью, рукою и ногою не владеет и язык ся отнялся, лежит при конце». Как только Ивану Никитичу стало легче, пристав повёз его в Уфу. С дороги Некрасов писал в Москву, что Иван быстро поправляется: «...везучи, язык у него появился, рукою стал владеть... а сказывает сердце здорово, ест довольно». Иван Романов прибегнул к какой-то уловке, чтобы избавиться от оков. Позже он сам рассказывал монахам, что оковы сами спали с его рук и ног после усердной молитвы святому Сергию. Узнав об этом «чуде», приставы «ужаснулись» и сменили звериную лютость на «овечюю кротость, и быв у них прочее время во ослабе».

К лету 1602 года состояние здоровья царя Бориса улучшилось. Положение в высших эшелонах власти было стабильным, и Борис решил облегчить участь ссыльных. 25 мая 1602 года Боярская дума распорядилась освободить Ивана Никитича Романова и князя Ивана Черкасского и перевезти их в Нижний Новгород «на государеву службу». 17 сентября 1602 года опальным объявили царскую милость — Борис велел вернуть их ко двору в Москву. Приставам указывалось везти Ивана Романова в Москву осторожно, по состоянию его здоровья.

Князья Сицкие также были освобождены и назначены на службу в понизовые города. Но не все они добрались до новых мест. Старший сын опального боярина Сицкого князь Василий Иванович умер в дороге, не добравшись до Москвы. Его смерть тут же приписали злому умыслу царя Бориса.

Летом 1602 года Боярская дума объявила о прощении вдов и детей опальных бояр. Борис приказал вдову Бориса Черкасского с дочерью и вдову Александра Романова освободить и перевезти в бывшую вотчину Романовых село Клин под Юрьевом-Польским, куда они благополучно добрались.

Приставам было приказано содержать опальные семьи в полном довольствии. Царь Борис сложил свою ответственность за притеснения опальных на приставов, якобы действовавших не по его указу, а «своим воровством и хитростью».

В ноябре 1602 года Фёдор Никитич (Филарет) сказал своему приставу: «Государь-де меня пожаловал, велел мне по-вольность дать». Филарет и впрямь получил послабления. Ему позволено было часто покидать келью и стоять «на крылосе». Борис велел выдать Филарету новую одежду и «покой всякий к нему держати».

В октябре 1604 года войско Лжедмитрия I вторглось в Россию. К этому времени все Романовы, за исключением Филарета, оказались на свободе. Кто состоял на царской службе, а кто вольготно жил в своих поместьях. В частности, восьмилетний Михаил Фёдорович жил в селе Клин в вотчине отца. Его опекали тётки — Марфа Никитична, вдова Бориса Камбулатовича Черкасского и вдова Александра Никитича Романова. Вместе с Михаилом жила и его сестра Татьяна. Надо ли говорить, что эта дамская компания тряслась над мальчиком и воспитала из него не рыцаря, а слабовольного и капризного барчука.