Совет согласился, и 29 января 1523 года произошёл диспут, из которого Цвингли вышел победителем. Цюрихский сенат высказался в пользу Цвингли; народ, ожидавший за стенами решения переговоров, огласил воздух радостными кликами, когда актуариус объявил ему о торжестве Цвингли.

Цвингли был протестант. То же самое повторилось в Берне; после торжественных прений дело было решено и протестантизм принят с энтузиазмом.

Базель и Шаферуз также приняли учение Цвингли. В кантонах Гларус и Аппёнцель население до сих пор ещё по вероисповеданию разделено на две части. Самые маленькие и бедные кантоны, каковы Люцерн, Ури, Швиц, Унтервальд, Цух, Фрибург и Солатурн, остались верными римско-католической Церкви. В это время Швейцария была раздираема междоусобицами протестантов и католиков. Эта вражда никогда не прекратится окончательно в Швейцарии, которую Реформация разделила на две части. Все европейские державы, одни открыто, другие тайно, принимали участие в этих разногласиях, сообразуясь с интересами своих правительств. Женева была метрополией кальвинизма.

Женевское городское начальство, следуя примеру Цюрихского и Бернского магистратов, установило публичные диспуты между протестантами и католиками; эти конференции наполнили весь июнь 1535 года; на них присутствовали иностранные учёные того и другого вероисповеданий. Государственный совет два месяца рассматривал решение по диспутам, и наконец по зрелом обсуждении римско-католическая вера была уничтожена.

Для увековечения этого события в городской гостинице поставлена была чугунная доска с надписью: «В память Божией милости, избавившей нас от ига Антихриста, уничтожившей суеверие и давшей нам свободу».

Свобода в Женеве, так же как и в других государствах, была началом преобразований. Герцог и архиепископ Савойский спорили о том, кто из них имеет более прав притеснять Женеву. Народ порешил спор, изгнав архиепископа и объявив себя свободным. Женева разделилась на две партии — католиков и протестантов, последних называли «eidgenossen», то есть связанные клятвой; отсюда произошло название гугенотов, которое носят французские кальвинисты.

Всё это происходило до появления Кальвина в Женеве. Он прибыл сюда в 1536 году для поучения богословию, но был изгнан за то, что его учение не согласовалось во всех пунктах с преобладающими мнениями; но после трёхлетнего пребывания в Страсбурге он снова был призван в Женеву, сделавшуюся столицей кальвинизма. Кальвин был не только религиозным реформатором, но и законодателем Женевы. Он утвердил во всех её частях благочиние и порядок богослужения. 20 ноября 1541 года он составил свод духовных и светских законов и учредил нечто вроде инквизиции или консисториальной камеры с правами на цензуру и отлучение от церкви.