Лидеры восстания были сначала заключены в тюрьму в Фортецца да Бассо, а затем обезглавлены во дворике Барджелло. Козимо растянул удовольствие: каждый день с плеч слетало только по одной голове, так жестоко и хладнокровно он расправлялся с бунтовщиками. Когда дошла очередь до Филиппо Строцци – он сам покончил жизнь самоубийством в тюрьме. Филиппо перерезал себе горло ножом, который «забыл» в его камере один из стражников. При этом он оставил предсмертное письмо, в котором просил собрать в сосуд немного его крови и передать своему злейшему врагу – кардиналу Чибо – для того, чтобы тот пожарил ее с яичницей и таким образом насытился его кровью. К сожалению, оригинал письма не сохранился, только копия. Записка была залита кровью, когда Филиппо перерезал себе горло, написанное с трудом удалось разобрать и переписать. Именем Филиппо Строцци названа улица, которая тянется вокруг Нижней крепости.

Его сыновьям, Пьеро, Роберто и Льву Строцци, удалось спастись бегством, и они отправились на север, в Венецию. Пьеро в 1539 году женился в Венеции на Лаодамии Медичи, сестре Лоренцаччо. Потом они переехали во Францию, и Пьетро поступил на службу к королю Франциску I. Его брат Роберто Строцци женился на Магдалине Медичи, второй сестре Лоренцаччо. Они тоже отправились во Францию и прожили там несколько лет. Роберто привез в подарок королю Франциску I двух «Узников» работы Микеланджело, над которыми скульптор работал в Риме для похоронного монумента папы Юлия II. «Узники» оказались не нужны, и Микеланджело подарил их Роберто Строцци в благодарность за теплый прием, который тот оказал ему в Риме. Роберто Строцци и Магдалина Медичи впоследствии вернулись в Италию и снова поселились в Риме.

Благодаря конфискации имущества поверженных врагов герцог значительно пополнил деньгами собственную и городскую казну. На протяжении всей своей жизни Козимо безжалостно действовал против любого, кто пытался противостоять его планам. Его деспотизм был направлен главным образом против тех, кто сомневался в его авторитете. То есть против тех важных и богатых граждан, которые выступали против его власти, но не на народ. Простые граждане не очень-то любили Козимо, но их вполне устраивало его правление – жителям Флоренции нужна была стабильность после осады города и правления безумного герцога Алессандро.

Своего наставника Франческо Гвиччардини герцог вскоре отстранил от дел и отправил в родовое поместье Арчетри. Там Гвиччардини посвятил время работе над книгой «История Италии», в результате чего прославился как писатель и историк. Его именем названа та улица во Флоренции, где до сих пор находится его палаццо. Это улица, которая идет от Старого моста до дворца Питти, дворец Гвиччардини находится рядом с палаццо Питти. Потомки Франческо Гвиччардини до сих пор живут в Тоскане. Козимо I Медичи признал себя вассалом Карла V, но у него не было другого выбора. Его далеко идущей целью был захват других городов Тосканы и создание Великого герцогства Тосканского, и без помощи войск императора ему было не обойтись.