Внутри своего государства герцог создал новую форму правления, состоящую не из советников, а из магистратур, которые находились в его полном подчинении. Он сам при этом пристально следил за работой этих учреждений и пресекал любое неповиновение. Таким образом, уже никому из других флорентийских семейств не приходило в голову претендовать на власть. Позже, в 1560 году, он закажет Джорджо Вазари спроектировать одно здание, объединяющее офисы этих учреждений. Так появилась галерея Уффици (Uffizi), название которой переводится «офисы». Потом Уффици превратится во всемирно известную картинную галерею Флоренции. Но это будет уже при герцогах Лотарингских, которые займут престол Тосканы после Медичи.

Козимо I оставил на службе гвардию телохранителей Алессандро Медичи, испанских солдат, которых потом сменили швейцарские ландскнехты. Герцог решил, что дворец Медичи слишком мал и скромен для его резиденции. Он переехал во дворец Синьории, который с тех пор называли герцогским дворцом. Его ландскнехты располагались на ночлег на лоджии справа от палаццо, построенной для приоров в середине XIV века. С тех пор ее называют лоджия Ланци, сокращенно от «ландскнехты» (lanzichenecchi). Впоследствии она превратилась в музей под открытым небом, где расположены 13 статуй. Самая знаменитая среди них – это бронзовый Персей с головой Медузы горгоны работы Бенвенуто Челлини. Писатель Александр Дюма пишет про Козимо I: «Скрытный, как Людовик XI, страстный, как Генрих VIII, добрый, как Франциск I, настойчивый, как Карл V, великолепный, как Лев X, он обладал всеми пороками, которые делают личную жизнь мрачной, и всеми добродетелями, которые освещают жизнь общественную». Герцог начал осуществлять программу по осушению болотистой местности Маремма, которую продолжил потом его сын Фердинанд Медичи и другие его потомки. Таким образом, среди жителей Тосканы значительно снижался риск заболевания малярией, а осушенные земли тут же заселялись и засевались пшеницей, подсолнухами и привезенной из Нового Света кукурузой.

Козимо Медичи родился под знаком зодиака Близнецы и был избран герцогом Флоренции в январе, под знаком зодиака Козерога. Поэтому он выбрал это животное своим личным символом: козерога можно увидеть на его статуях, на фресках и рельефах, выполненных по его заказу, на его портретах. Другим своим символом герцог выбрал черепаху с парусом. Черепаха – животное, которое ползает медленно и осторожно. Так и он был очень осторожным и тщательно продумывал каждое свое действие. Но когда ветер натягивает парус – он толкает животное вперед. Так и Козимо делал решительный шаг вперед, когда уже был к нему готов. Его девиз был «Ускоряйся медленно» или, как по старинке говорили: «Поспешай не спеша».