Через год после Педро родился Гарсия, который умер от малярии в возрасте 15 лет вместе со старшим братом Джованни и матерью Элеонорой в Пизе – они поехали туда встречать Козимо I, который возвращался из военно-морского похода против турок. После внезапной смерти всех троих с разницей в несколько дней пошли нелепые слухи о том, что в Пизе братья поссорились и старший убил младшего. Приехал Козимо и, разъяренный, убил старшего сына. А мать умерла вслед за ними от горя. Но это неправда, вскрытие и исследование останков доказало их смерть от малярии. Сын Антонио и дочь Анна умерли в младенчестве, в возрасте всего лишь нескольких месяцев.

В 1549 году родился Фердинанд Медичи, единственный из детей Козимо и Элеоноры, который дожил до почтенного возраста 59 лет и умер от естественных причин – его брат Франческо, предположительно, был отравлен. Фердинанд был третьим герцогом Тосканы, про него тоже отдельная глава. Самый младший сын, Педро, родился в 1554 году и был «черной овцой» в своей семье. Первым браком он был женат на своей двоюродной сестре Элеоноре Толедской, тезке его матери, дочери Гарсии Толедского. Он сам задушил свою жену из ревности на семейной вилле Кафаджоло. К тому времени его брат Франческо был великим герцогом Тосканы, он помог избежать Педро суда и после этого выслал его в Испанию. Впоследствии Педро вел очень распутную жизнь, переезжал из города в город и развратничал с проститутками. Он был женат вторым браком на Беатрис Менесес, но брак не принес никому из них счастья из-за его пристрастия к азартным играм. Дон Педро постоянно просил денег у братьев и, несмотря на их помощь, умер в нищете в возрасте 49 лет при невыясненных обстоятельствах.

Вот так счастливо начиналась семейная жизнь Козимо I Медичи и Элеоноры Толедской, и так все потом печально закончилось. Элеонора умерла в возрасте всего 40 лет в Пизе от малярии, после ее смерти безутешный герцог сильно тосковал по ней. Но ему было всего 42 года, и у него потом было немало любовниц. Одна из них, Элеонора Альбицци, родила герцогу двух внебрачных детей: дочь, которая умерла в младенчестве, и сына Джованни, который дожил до 55 лет и был талантливым ученым и архитектором. От другой любовницы, Камиллы Мартелли, у герцога была дочь Вирджиния. Ее выдали замуж за герцога Феррары Чезаре д’Эсте, она прожила 47 лет и была многодетной матерью. Но тот факт, что ее выдали замуж против ее желания, а также постоянные измены супруга привели герцогиню к психическому расстройству. Это стало причиной ее преждевременной смерти. Хотя, по слухам, она была отравлена мужем.