На верхнем этаже в личных покоях герцога и герцогини – фрески на мифологическую и историческую темы, прославляющие добродетели супругов, аллегории элементов и времен года. Художники везде добавляли символы герцога: черепаху с парусом и козерога. У Козимо было большое самомнение, просто культ личности: любой главный мифологический герой на фресках – это он сам и его подданные. Например, Сатурн, которому приносят плоды земли, – это Козимо и его подданные, которые приносят герцогу дары (аллегория земли). Вулкан, который кует в своей кузнице молнии для Юпитера, – это его кузнецы, которые куют для него оружие (аллегория огня). Венера, которая рождается из морской пены, – это Козимо, который заново рождается как герцог Флоренции (аллегория воды). Сатурн кастрирует своего отца Кроноса – это Козимо казнит своих врагов (аллегория воздуха).

В покоях Элеоноры художник Ридольфо Гирландайо, сын Доменико Гирландайо, писал пейзажи на стенах. Герцогиня очень любила сады с деревьями, дорожками и клумбами с цветами, но вокруг палаццо сады невозможно было развести. Поэтому для нее делали искусственные цветы и сбрызгивали их духами. В частной капелле Элеоноры художник Аньоло Бронзино написал яркие, переливающиеся фрески на тему истории Моисея и алтарный образ «Снятие с креста». Для этих сцен он использует совершенно не натуральные, но красивые тона: лимонно-желтый, ярко-оранжевый, переходящий в желтый, розово-сиреневый, бирюзовый. При этом Красное море он изобразил действительно красным, а цвет кожи некоторых персонажей – светло-оранжевый. На фресках есть портреты Козимо I и его беременной жены Элеоноры Толедской. Из этой часовни тайный ход ведет на террасу, а оттуда – в потайную комнату, где Козимо подслушивал министров. Между толстыми стенами дворца Вазари спроектировал еще несколько потайных комнат и ходов между ними: спальни, сокровищницы, кабинеты. Некоторые ходы ведут на улицу, чтобы в случае опасности можно было незаметно покинуть здание.

Залы и комнаты были обставлены мебелью и сундуками из дерева черешни, грецкого ореха, махагона из Америки и черного дерева из Африки, стены украшены картинами и гобеленами. Шкафы были предназначены только для оружия, их так и называют: армарио (armario), от слова «арма» – «оружие». Все платья, скатерти, простыни, наволочки, салфетки, полотенца хранились в сундуках, расписанных разными сценами или украшенных рельефами из стукко – высшего сорта штукатурки с примесью мраморной крошки, или инкрустированных разными породами древесины.

Впоследствии в своем палаццо Козимо заказал оформить первую гардеробную, в которой встроенные в стену шкафы предназначались для одежды. Из любви к науке двери шкафов он заказал украсить географическими картами, которые писали вручную доминиканские монахи под руководством монаха-ученого Игнацио Данти. Всего они выполнили 54 больших карты разных стран Европы, Африки, Азии, Китая, Японии, Южной Америки и Гренландии. Не хватает только Северной Америки и Австралии. За картой Армении находится еще один потайной ход, который ведет на террасу. А оттуда – опять в ту же потайную комнату, откуда можно было подслушивать министров, только с другой стороны. Таким образом из гардеробной можно пройти через две террасы и тайную комнату напрямую в часовню Элеоноры Толедской. Для себя лично Козимо заказал огромный глобус и позолоченную армиллярную сферу, оба диаметром около двух метров.