Фердинанд Медичи был самым молодым итальянским кардиналом до того, как в 1583 году этот сан принял Франческо Сфорца. В 1562 году он был в Пизе вместе с матерью Элеонорой Толедской и братьями Джованни и Гарсией. Фердинанд был единственным из них, кто выжил и не переболел малярией, его мать и братья умерли с разницей в несколько дней. Он оставался кардиналом в течение 25 лет и уже всерьез думал посвятить все свою жизнь духовной карьере. Но все сложилось иначе, чем он предполагал.

Фердинанд жил в Риме и только иногда приезжал во Флоренцию. Он основал новую виллу Медичи в Риме и купил множество произведений искусства, которыми ее украсил. В те времена в особняке находилась большая коллекция античных римских статуй, копий с греческих оригиналов, и множество бюстов римских императоров. На входе в здание были установлены две скульптуры львов: одна античная, другая XVI века работы Фламинио Вакка. Это те львы, которых впоследствии перевезли во Флоренцию и установили на входе на лоджию Ланци на площади Синьории. В саду виллы был установлен египетский обелиск, который датируется 1500 годом до нашей эры, задолго до расцвета этрусской цивилизации. Этот колосс из красного гранита высотой 6,34 метра был высечен из материала, происходящего из города Асуан. Надписи на обелиске посвящены богу-демиургу Атуму, в древнеегипетской мифологии это божество является сущностью бога солнца Ра.

Первоначальное местонахождение и время возведения обелиска точно неизвестны, но надписи указывают на то, что он был высечен во времена правления Рамзеса II в 1297–1213 годах до нашей эры в Гелиополе. Обелиск был привезен оттуда римлянами во времена императора Домициана в I веке нашей эры. Он был установлен в храме Исиды на Кампо-Марцио (Марсовом поле), где останавливались полководцы и императоры в ожидании, когда им назначат день Триумфа. Во времена варварских нашествий обелиск был утерян и найден только после раскопок в конце XVI века. Его купил кардинал Фердинанд и установил в саду виллы Медичи в Риме.

Еще в парке этой виллы стояли две большие ванны длинной около семи метров, вырезанные из цельного блока серого гранита. Возможно, они происходят из терм Каракаллы в Риме. Сейчас обелиск и ванны украшают сад Боболи, причем это единственный египетский монумент в Тоскане. Обелиск установлен на пьедестале и опирается на четыре большие бронзовые черепахи – символ отца Фердинанда Козимо I Медичи.

После неожиданной смерти старшего брата Франческо с женой Бьянкой Каппелло на вилле Поджо-а-Кайано Фердинанд сам занимался всеми его делами и организацией похорон. Он устраняет от наследования своего «племянника» Антонио Медичи, но оставляет ему все деньги, загородные виллы и подарки «отца». Так, после смерти герцога Франческо I Медичи Фердинанд сам наследует трон в возрасте 38 лет и становится третьим великим герцогом Тосканы под именем Фердинанд I. Дальше в семье герцогов Медичи появляется традиция называть старшего сына в честь деда, поэтому будут чередоваться имена Фердинанд и Козимо. Чтобы обеспечить трон Тосканы и дальше наследником престола, римский папа Сикст V дал Фердинанду разрешение сложить с себя кардинальский сан и жениться.