В 1629–1667 годах Маттиас был правителем Сиены, наместником своего брата Фердинанда II в этом славном тосканском городе. Принц не был женат и не оставил потомства, а в 1663 году изъявил желание стать кардиналом. В 1667 году его желание поддержали великий герцог Фердинанд II и римский папа Климент IX, и кардинальский сан был только делом времени. Но вскоре после этого Маттиас Медичи умер в Сиене 11 октября 1667 года в возрасте 54 лет от осложнений подагры и артрита. Его останки перевезли во Флоренцию и похоронили в капелле великих герцогов в церкви Сан-Лоренцо. Сохранилось несколько прижизненных портретов Маттиаса Медичи, большую часть которых писал их придворный портретист Юстус Сустерманс. Портреты находятся в Палатинской галерее и в Королевских апартаментах дворца Питти.

Следующим ребенком Козимо II был сын Франческо Медичи, который родился в 1614 году. Его назвали так в честь его дяди Франческо Медичи со стороны отца, брата Козимо II, который умер в возрасте 20 лет. Племянник повторил судьбу дяди – тоже прожил неполные 20 лет. Франческо рос вместе с братом Маттиасом, они вместе участвовали в сражениях во время Тридцатилетней войны, и он, как и брат, сделал военную карьеру. В мае 1634 года Франческо участвовал в осаде Регенсбурга. В июле в лагере осаждавших разразилась эпидемия чумы, и принц заболел. Однако врачи не сразу диагностировали у него заболевание, а только когда состояние Франческо начало быстро ухудшаться. Направленный к нему императорский врач прибыл слишком поздно и уже ничего не смог сделать. Франческо Медичи умер под Регенсбургом 25 июля 1634 года, его останки перевезли во Флоренцию и похоронили в семейной базилике Сан-Лоренцо в усыпальнице герцогов.

В 1616 году у герцога и герцогини Медичи родилась дочь Анна. Королева Мария Медичи безуспешно пыталась сосватать сначала Маргариту Медичи, а потом и Анну Медичи, за своего младшего сына Гастона Орлеанского, но Козимо II был против. Девочке было всего пять лет, когда умер ее отец. Впоследствии она была сосватана за своего двоюродного брата Фердинанда Карла Австрийского, старшего сына эрцгерцога Леопольда V Австрийского и Клаудии Медичи. Свадьба по доверенности состоялась в мае 1646 года, после этого Анна Медичи покинула Флоренцию и прибыла в Инсбрук. Там 10 июня того же года она сочеталась браком с Фердинандом Карлом.

Невесте было в то время уже тридцать лет, жениху – восемнадцать, но несмотря на это брак оказался счастливым. Супруги проводили много времени во Флоренции в гостях у брата Анны герцога Фердинанда II – им больше нравилась роскошь Тосканского двора, чем горы Тироля. У них родилось три дочери, одна из которых умерла в младенчестве, а вторая – в подростковом возрасте. Наследника мужского пола не было, поэтому после смерти Фердинанда Карла в 1662 году его титулы графа Тирольского и эрцгерцога Австрийского унаследовал его младший брат, эрцгерцог Сигизмунд Франц. Но в 1665 году он тоже умер, не оставив наследника, поэтому графство возвращалось к прямому правлению из Вены. Тогда Анна приложила все усилия, чтобы выдать замуж свою единственную оставшуюся в живых дочь Клаудию Фелиситас за императора Священной Римской империи Леопольда I в 1673 году. Таким образом, титул графа Тирольского отошел Леопольду, а ее дочь стала императрицей. Через три года после этого Анна скончалась в Вене в возрасте 60 лет.