Алессандро Скарлатти и Фридрих Гендель несколько раз выступали для Фердинанда также в Палаццо Питти во Флоренции и на другой загородной вилле Медичи – в Поджо-а-Кайано, где еще мать принца, Маргарита Луиза, заказала построить театр. Алессандро Скарлатти впоследствии переехал в Рим, потом в Венецию, но продолжал поддерживать отношения и переписываться с Фердинандом Медичи. Только благодаря этим письмам сейчас многое известно о жизни этого композитора. Итальянский врач и оперный либреттист Антонио Сальви написал несколько либретто, которые потом будет использовать Гендель в своих произведениях. Опера «Родриго» Генделя впервые была исполнена во Флоренции в 1708 году, ее оригинальное название: «Преодоление себя – это лучшая победа».

В 1701 году венецианский композитор и скрипач эпохи барокко Томмазо Альбинони посвятил принцу свой первый сборник камерных сонат для двух скрипок и баса, а в 1703 году Фердинанд пригласил его во Флоренцию для постановки своей оперы «Гризельда». В 1711 году знаменитый композитор Антонио Вивальди посвятил Фердинандо Медичи сборник оперы «Три концерта». Он же в 1735 году написал лирическую музыкальную драму в трех действиях с тем же названием: «Гризельда», что и у Томмазо Альбинони, но уже после смерти Фердинанда Медичи.

Наследный принц сам играл на многих музыкальных инструментах, он создал квинтет Медичи, который состоял из него самого и четырех придворных музыкантов. Во флорентийском музее «Галерея Академии» находится около 50 музыкальных инструментов: струнные, клавишные, духовые, ударные. Это инструменты из коллекций как Фердинанда Медичи, так и герцогов Лотарингских. В эпоху Медичи больше пользовались струнными и клавишными, в эпоху герцогов Лотарингских вошли в моду духовые и ударные.

Во времена Фердинанда коллекция музыкальных инструментов достигла момента наивысшего великолепия в отношении их качества. Среди редких экземпляров есть виолончель работы Никколо Амати, учителя непревзойденного мастера по изготовлению смычковых инструментов Антонио Страдивари. Сам Страдивари изготовил для Фердинанда Медичи в 1690 году две виолончели, одна из которых с серебряной струной. Она изображена на картине художника Антона Доменико Габбиани «Квинтет Медичи», которая находится в том же музее. На этой картине изображен сам принц Фердинанд со своими музыкантами. На другой картине того же художника изображен Фердинанд Медичи с двумя своими музыкантами, среди которых есть певец Франческо де Кастри, стоящий возле клавесина. Это был один из фаворитов (любовников) принца Фердинанда, он его ласково называл Чеккино.