Торжественное венчание состоялось 9 января 1689 года в соборе Санта-Мария дель Фьоре, который поразил невесту своей великолепной мраморной облицовкой и огромной фреской купола. Перед церемонией Виоланта проехала по улицам Флоренции в торжественной процессии, восседая на носилках под очень богатым, расшитым золотом балдахином, которые несли молодые отпрыски тосканской знати. За ними следовали члены семьи великих герцогов и придворные, занимающие высшие государственные должности. Часовня собора была богато украшена, собрались представители высших церковных учреждений, свадебную церемонию возглавил будущий кардинал Якопо Антонио Мориджа.
В конце венчания великий герцог Козимо III сам возложил корону, использованную для коронации Козимо I, на голову новобрачной. Виоланта влюбилась в своего красивого и галантного мужа с первого взгляда и была очень счастлива. Свадебные торжества были, как всегда, великолепными – флорентийцы хорошо умели организовывать праздники. На банкетах подавали деликатесы из заморских стран, в том числе из Нового Света, лучшее тосканское вино и, конечно, экзотические напитки: кофе и горячий шоколад с жасмином. В связи с карнавальным периодом программа праздников включала маскарады, театральные представления, аттракционы и исторический футбольный матч, организованный по этому случаю. Но основным зрелищем был рыцарский турнир, организованный на площади Санта-Кроче. Темой турнира была война между Европой и Азией. При этом одна половина воинов была загримирована под османов в восточных доспехах, которые находились в коллекции Медичи, а вторая – под европейских рыцарей в средневековых доспехах, тоже из коллекции династии.
Брак Виоланты и Фердинанда был несчастливым: как ни старалась бедная девушка понравиться своему мужу – у нее ничего не получалось. Не помогали ни красивые наряды, ни прекрасные духи, ни кружевное белье, ни ласка и забота. Наследный принц не сумел оценить по достоинству свою некрасивую жену и был к ней абсолютно равнодушен. Фердинанду на момент свадьбы было 26 лет, и его совершенно не интересовала молоденькая, неопытная 16-летняя девушка. Шли годы – а беременность не наступала, и в этом не было вины Виоланты. Козимо III пытался поговорить с невесткой, но что она могла сделать, если муж избегал ее и не появлялся в их общей спальне. Обществу жены он все больше предпочитал молодых юношей, особенно хороших певцов-кастратов. Фердинанд никогда не скрывал, что женился только для того, чтобы угодить отцу. Он никогда не испытывал к своей жене никаких серьезных чувств, и если бы не был наследным принцем, то вообще бы никогда не женился. А Виоланта из-за неопытности и, конечно же, из-за своего религиозного воспитания не смогла завлечь своего мужа.