В письме сестре Марии от 1975 года отец Софроний вспоминал о своей пещере: «Жилищем моим были пещеры в ребрах крутых, почти отвесных скал, в которые ударялись в бурные дни и ночи морские волны, и их удары я чувствовал, лежа на моем немягком ложе. В те жуткие для всей Европы годы море отдыхало от пароходов, кораблей и каиков, и я имел большее безмолвие, чем, может быть, в послевоенные годы».

Молитвенное уединение отца Софрония прерывалось визитами к нему монахов из монастыря Святого Павла. Но по ночам он продолжал молитвенный подвиг: «В одиночестве моей пещеры я получил исключительную привилегию целиком отдаваться беззаботной молитве. Она владела мной месяцами. Пресекалась в дневные дни житейскими делами, но, когда заканчивался трудовой день и начиналась безмолвная ночь в пещере, молитва снова обнимала меня: опять все исчезало из памяти, оставалось лишь сознание страшного невещественного греха, порождавшее во мне сожаление, стыд и даже ненависть к самому себе… Милость Бога ко мне выразилась в том, что Он даровал мне мощный порыв покаянного страдания, которое увлекало меня в ненасытную молитву – такую, что душа все забыла, ни о чем не помнила, но неудержимо тянулась к Богу невидимому, но любимому, неведомому, но знакомому, недостижимому, но близкому».

Молитва отца Софрония не всегда была «беззаботной». Часто сердце его замирало в трепете перед ужасами военного времени, и он горячо молился за свою Родину и за весь мир: «О, это было время усиленной молитвы за мир во всем мире, особенно за Россию. Слышал я не раз, что немцы имели намерение покончить с Россией. Их офицеры не скрывали геноцидных планов: раздать завоеванные территории солдатам, которые воевали на восточном (для немцев) фронте, оставив от всего населения России около тридцати миллионов рабочих на земле без права на образование, так как считали русских не-человеками (‘‘унтерменшами’’), а рабочим скотом… В те кошмарные годы я подолгу молился, особенно по ночам. Часами рыдал я в моих молитвах о мире всего мира, больше же всего за Россию, за русский народ, которому грозила опасность едва ли не полного уничтожения».

Чем более известным становился отец Софроний в качестве духовника, тем труднее было ему сохранять ритм жизни, ориентированный исключительно на молитву. Об этом он пишет с большим сожалением: «Выпавший на меня подвиг духовничества коренным образом переменил мою жизнь, но не к углублению, а к потере благодати. Целостность моего прежнего искания была нарушена. Непрерывность пребывания во “внутреннем человеке” ослаблялась сосредоточением внимания на том, что говорили мне приходившие ко мне на исповедь. Я знал, что там, внутри, начало и там конец и завершение; оттуда исход и туда возврат. Без напряженной молитвы из сердца, не испросив от Бога слово и благословение на всякое время, – суетным будет духовническое служение; без постоянного вразумления свыше даже Церковь превратится в одну из полуслепых сил мира сего, столкновением которых вносится разрушение в жизнь вселенной. В чем труд духовника? В тщательной работе над каждым человеком, чтобы помочь ему войти в область мира Христова; содействовать внутреннему возрождению и преображению людей благодатью Святого Духа; сообщить мужество малодушным на подвиг жизни по заповедям Господним. Словом – духовное образование всех и каждого».