Будучи духовником обители святого Павла, отец Софроний открыл двери своей пещеры и насельникам других обителей, включая Симонопетру, Григориат, Ксенофонт, различных скитов и келий. Слава о его подвижнической жизни и его духовническом даре скоро распространилась по всему Афону.

Духовническое служение по-новому открыло для отца Софрония духовный мир Афона. Если раньше он наблюдал других монахов со стороны и редко соприкасался с их внутренним миром, то теперь они стали приходить к нему один за другим и рассказывать о самом сокровенном: «Неожиданный и непонятный Промысл Божий поставил меня в такое положение, при котором в течение ряда лет я был зрителем духовной жизни многих подвижников Святой Горы. Некоторые из них располагались открывать мне то, чего, наверное, не сообщали другим. Восхищало меня видеть избранников Божиих, скрытых за их смиренным видом. Иногда они сами, хранимые Богом, не понимали, сколь богатое благословение почивает на них. Им было дано прежде всего усматривать в самих себе недочеты; по временам до такой степени, что они как бы не дерзали и помыслить, что Бог почивает в них и они в Нем. Некоторые из них были введены в созерцание Нетварного Света, но не узнали они об этом событии, отчасти потому, что мало знакомились с творениями святых Отцов, описывающих сей образ благодати. Их неведение ограждало их от возможного тщеславия».

К духовническому служению отец Софроний относился с особым трепетом. Это служение должно вырастать из опыта молитвы; советы, которые дает духовник, должны быть не плодом его рассуждения, но результатом озарения свыше от Духа Святого: «Если людям, пришедшим к священнику с надеждой услышать от него ясно волю Божию, вместо того он даст указание, исходящее от его собственного рассуждения, могущего быть неугодным Богу, то тем самым бросит их на неверный путь и причинит некоторый вред».

Духовник должен быть проводником воли Божией: он должен быть тем, через кого приходящий к нему может услышать не его голос, но голос Самого Бога. Как отмечает отец Софроний, «старец Силуан не имел определенного духовника в течение всей своей монастырской жизни. Обращался к тому, кто в данный момент был ближе». Часто решающую роль играет не личность духовника, но то, с каким настроением приходит к нему тот или иной человек.

Миссия духовника, считает отец Софроний, заключается в том, чтобы вести людей к обóжению: «Духовнику надлежит чувствовать ритм внутреннего мира всех и каждого из обращающихся к нему. С этой целью он молится, чтобы Дух Божий руководил им, давая нужное для каждого слово. Служение духовника и страшно, и увлекательно; болезненно, но вдохновляюще. Он “соработник у Бога”. Он призван к наивысшему творчеству, к не-сравненной чести – творить богов для вечности в Свете Нетварном».