Путешествие в Брест было невозможно, но длительное пребывание на Адриатике – немногим лучше. Поэтому 24 февраля 1798 года Бруе выбрал единственный открытый для него путь и на собственный страх и риск отправился в Тулон. Он взял с собой весь флот, за исключением кораблей «Сандос» 64, «Лонато» 40, «Риволи» 16, «Мондови» 16, «Сибел» 12 и 16 малых судов – они остались на Корфу. «Лахарп» 74, «Стенгель» 64 и «Бейран» 64, «Алерт» 14, «Мероп» 12 и «Серф» 12 остались в Анконе. В Тулон корабли прибыли 2 апреля.

По пути он задумал нанести внезапный удар по Мальте – во исполнение одной из схем Бонапарта. Один из его кораблей, «Фронтен» 64, был отправлен в порт для устранения течи, реальной или вымышленной, а на нем было два мальтийца, находившиеся на французской службе, которые должны были связаться с берегом и выяснить, может ли внезапное нападение стать удачным. Бруе крейсировал вокруг острова с остальным флотом, поддерживая постоянную связь с кораблем-ла-зутчиком, но сообщения с Мальты поступали неутешительные.

Поэтому 10 марта, после недельной задержки, Бруе отказался от своего плана и продолжил плавание в Тулон.

Тем временем от великого плана вторжения в Англию Бонапарт отказался ради нападения на Египет. Он лично провел инспекционную поездку по берегам Франции и Голландии и решил, что предполагаемое вторжение почти невозможно. Спустя девять дней Талейран передал ему план экспедиции в Египет, и эта же самая идея была высказана Бонапартом в качестве возможной альтернативы нападения на Англию. Окончательное решение было принято после получения донесения Дессе о том, что флот в Бресте не готов к серьезным действиям. Соответственно, 5 марта 1798 года были изданы приказы, сделавшие египетскую экспедицию главной целью французов.

Необходимо объяснить, почему французские флоты могли передвигаться взад-вперед по Средиземному морю, не встречая сопротивления. В начале войны британцы и их испанские союзники контролировали воды Средиземного моря и даже заняли Тулон, однако постепенно ситуация изменилась. Французский флот в Тулоне возродился к жизни и даже получил подкрепление из Бреста. Голландия была вынуждена присоединиться к Франции, став врагом Британии, а не ее союзником. Испанцы тоже сумели договориться и в конце концов открыто перешли на сторону французов. Британцам ничего не оставалось, только эвакуироваться из Средиземноморья, и это было сделано в конце 1796 года. Больше года Средиземное море было франко-испанским озером, но к 1798 году самая страшная угроза для Британии миновала. Сражение у мыса Сен-Винсент в феврале 1797 года показало слабость испанцев на море, а битва при Кампердауне в октябре сокрушила голландский флот раз и навсегда. Мятежи 1797 года завершились, и к тому времени, как французы начали планировать свои амбициозные заморские операции, у англичан уже появилась возможность предпринять кое-какие шаги.