Египетская экспедиция началась из пяти отдельных точек: Тулона, Марселя, Корсики, которая была в руках французов после ухода британцев со Средиземного моря, Генуи, в декабре 1797 года ставшей Лигурийской республикой, и Чивитавеккьи, некогда порта папских государств, а после французской оккупации Рима в феврале 1798 года – порта Римской республики. В экспедиции участвовали следующие силы:

Тулон: «Ориент» 120, «Гийом Телль», «Франклин», «Тоннант» – 80-пушечники, «Спартиат», «Аквилон», «Женерё», «Пёпл-Суверен», «Тимолеон», «Эрё», «Меркурий», «Герриер», «Конкеран» – 74-пушечники, «Юстис», «Диана», «Юнона», «Артемис» – 40-пушечники, «Бадин» 30, «Саламин» 18, «Коркир» 18, «Фортунатус» 18, «Алерт» 14, «Пьер» 6, «Шассёр» 6, «Плувье» 4, «Оранжер», «Португез», «Эркюль», «Аглае» – бомбардирские корабли, «Этуаль», «Эклер», «Негрес», «Экспедисьон», «Маргерит», «Хирондел» – тартаны, 6 артиллерийских шлюпов и 2 вооруженные орудиями фелуки.

Следующие корабли использовались как снабженческие транспорты и потому были частично разоружены: «Дюбуа» и «Коссе» – 64-пушечники, «Сенсибль», «Каррер», «Муирон», «Леобен» – 36-пушечники, «Мантуя» и «Монтенот» – 30-пушечники. Всего транспортов было около 70.

Марсель: «Алцест» 36, «Райлёр» 18 и более 55 транспортов.

Генуя: «Серьез» 36 и более 70 транспортов.

Корсика: 22 транспорта.

Чивитавеккья: «Кореджёс» 36 и 56 транспортов.

До того как какая-либо из частей этого огромного флота вышла в море, на Средиземноморье снова появились британские военные корабли. 2 мая контр-адмирал сэр Горацио Нельсон на корабле «Вангард» 74 покинул флот, с которым лорд Сен-Винсент блокировал Кадис, и двумя днями позже в Гибралтаре принял под командование следующий флот: «Александр» 74, «Орион» 74, «Эмеральд» 36, «Терпсихора» 32, «Бон Ситойен» 20. Корабли вошли в Средиземное море 9 мая и были у мыса Сисье, что возле Тулона, 17-го. Там они захватили шебеку «Пьер» 6, вышедшую из порта, чтобы узнать новости о противнике. Двумя днями позже сильный северный ветер заставил Нельсона искать укрытие. На следующий день он усилился до такой степени, что «Вангард» потерял фок-мачту и две стеньги. Нельсон на «Вангарде» и два других 74-пушечника направились к Сардинии, но его фрегаты – люди предполагали, что он пойдет в Гибралтар на ремонт, – направились туда же и так и не присоединились к нему. В результате мастерского судовождения и огромного напряжения сил «Вангард» не потерпел кораблекрушение и был доставлен на буксире «Александром» на Сардинию. Там он восстановил парусное вооружение всего за четыре дня – с 23 по 27 мая, и 31-го корабль Нельсона снова подошел к Тулону.