Но он все равно опоздал. Тот самый ветер, который оказался катастрофой для британского флота, помог французам удачно стартовать. Выйдя из Тулона 19 мая – ведя тулонскую и марсельскую дивизии, – Бонапарт и Бруе не испытали особых трудностей. 23-го к ним присоединился конвой из Генуи, а 27-го – с Корсики, а уже на следующий день они заметили у северо-восточной оконечности Сардинии конвой из Чивитавеккьи, который вышел в море двумя днями раньше. По какой-то причине этот конвой не соединился сразу с главными силами флота, и Бонапарт его четыре дня – с 31 мая по 4 июня – ждал у Сардинии, в то время как конвой находился немного восточнее. Тем временем «Коркир» 18, посланный по направлению к Сицилии, был перехвачен 1 июня британской «Флорой», одним из двух фрегатов, которые Нельсон послал на восток до того, как покинул Гибралтар. Со временем Бонапарт все же узнал от нейтралов, что по соседству нет крупных британских сил, и решил продолжать экспедицию, не дожидаясь кораблей из Чивитавеккьи. 6 июня он услышал, что они его уже обогнали, и 9-го обнаружил их у Мальты, куда они прибыли двумя днями раньше.
Захват Мальты был одной из вспомогательных целей экспедиции. Повод для враждебных действий легко нашелся. Им стал отказ великого магистра позволить Дезе с конвоем из Чивитавеккьи войти в порт для пополнения запасов воды. Этот отказ был основан на правиле, что в порт можно впускать не более четырех кораблей враждебных государств одновременно. Подготовка к высадке началась, как только прибыл Бонапарт, и 10 июня войска были высажены на берег одновременно в пяти разных местах: четыре – на самой Мальте и одно – на Гозо (Гоцо). Сопротивления почти не было. Великий магистр попросил о перемирии 11-го, и на следующее утро в три часа все мальтийские острова стали французскими. С ними было захвачено два линкора «С. Джованни» 64 и «С. Заккария» 64, фрегат «С. Элизабетта» 36 и четыре галеры.
Пока французы были на пути к Мальте, Нельсон вернулся на свою стоянку у Тулона, куда прибыл 31 мая. Противник исчез, и, имея в своем распоряжении только три линкора и ни одного фрегата, Нельсон почти ничего не мог предпринять для поисков. Только 5 июня прибыл шлюп «Мутин» с информацией, что 11 линкоров уже идут к нему, и с таким мощным подкреплением он должен преследовать французский флот, куда бы тот ни направился, и использовать все свои возможности, чтобы захватывать его, топить и сжигать.
Спустя два дня корабли прибыли. Капитан Трубридж на «Каллодене» с еще восемью 74-пушечниками оставил флот у