Сражение завершилось. Единственными французскими кораблями, сохранившими возможность передвигаться, были «Гийом Телль» и «Женерё», а также фрегаты «Диана» и «Юстис». В 11.50 Вильнёв на «Гийоме Телле» отдал приказ рубить концы и следовать за ним. «Зилоус» сделал попытку помешать противнику, но был отозван, и четыре французских корабля беспрепятственно ушли. «Тимолеон» был слишком сильно поврежден, чтобы последовать за ними. Он перерубил концы и выбросился на мель, лишившись в процессе фок-мачты. Он и «Тоннант» были оставлены в покое на двадцать четыре часа до подхода 3-го около 11.00 «Леандра» и «Тесея». Тогда «Тоннант» сдался, а «Тимолеон», загоревшийся и покинутый командой, взорвался. Два фрегата тоже были уничтожены. «Серьез» – во главе линии – был потоплен на мелководье «Орионом». «Артемис» сел на мель в начале сражения и утром 2 августа был сожжен своей командой. Британские источники в один голос утверждают, что в это же время он сдался «Меркурию». Из трех бомбардирских кораблей – один, «Эркюль», сел на мель возле Абукира и впоследствии был сожжен французами, два другие спаслись и впоследствии отплыли в Александрию.

Потери обеих сторон были большими. У британцев 218 человек были убиты, 677 ранены. Больше всего пострадали два линкора – «Беллерофон» и «Маджестик». На обоих были почти одинаковые потери: 49 убитых и 148 раненых на первом и 50 убитых и 143 раненых на втором. Для французского флота таких точных данных нет. Приведу две современные оценки: де ла Жонкьер считает, что французы потеряли 1700 человек убитыми или утонувшими и 1500 ранеными, а Луар говорит о 1451 погибшем и 1479 раненых. Вероятно, общие потери французов составили 3000–3500 человек.

Среди убитых был вице-адмирал де Бруе и три французских капитана. Британцы потеряли капитана линкора «Маджестик» Уэсткотта. Сам Нельсон в начале сражения был ранен в лоб и на некоторое время ослеп. До следующего утра он был не в состоянии осуществлять командование флотом.

Вильнёв, как уже было сказано, 2 августа увел корабли «Гийом Телль», «Женерё», «Диана» и «Юстис» из Абукирского залива. 7-го к нему присоединился между Кипром и Родосом «Саламин» 18, который покинул Абукир несколькими часами раньше. Он сразу же был отправлен обратно в Александрию с депешами. Через десять дней, находясь у Кандии, «Женерё» ночью разминулся с остальными кораблями, а утром французы заметили, организовали преследование и навязали бой «Леандру», который вышел из Абукирского залива 5 августа с депешами Нельсона. Согласно Джеймсу, на «Леандре» было 52 орудия, одно из которых было разбито, хотя, с учетом каронад, пушек было 62. Тот же автор утверждает, что на «Женерё», с учетом каронад, было в общей сложности 80 орудий. С другой стороны, французские источники утверждают, что на «Леандре» было 72 или 74 орудия, что представляется невозможным. По Джеймсу, на борту «Женерё» было 936 человек – после получения подкрепления с «Тимолеона» и «Гийома Телля». Это также представляется в высшей степени маловероятным, поскольку «Женерё» покинул театр военных действий в то самое время, когда «Тимолеон» тоже пытался уйти и ненамеренно разделился с «Гийомом Теллем». В любом случае французы превосходили «Леандр» по всем статьям, и его отчаянное сопротивление в течение шести часов достойно всяческого уважения. Когда корабль сдался, на нем не было ни одной мачты, 35 человек были убиты, 57 ранены. Согласно британским источникам, потери французов составили 100 человек убитыми и 1888 ранеными. После боя «Женерё» с «Леандром» на буксире медленно двинулся на Корфу, куда прибыл 2 сентября. 28 августа они были замечены с «Мутина», который Нельсон отправил в Неаполь с копиями депеш.