Ушаков и Кадир-бей 3 ноября перебрались на Кефалонию. 8-го «Св. Троица» была послана с двумя турецкими фрегатами и корветом на усиление группы, блокировавшей Корфу. На следующий день остальной флот ушел к Святой Мавре; он бросил там якорь 11-го, и его прибытие привело к капитуляции французского гарнизона, которая имела место 13-го. В итоге только Корфу оставался в руках французов. Туда Ушаков и Кадир-бей прибыли 20 ноября.

Тем временем Нельсон установил строгую блокаду французских сил на Мальте. Болл на «Александре» 74, с кораблями «Терпсихора» 32 и «Бон Ситойен» 18, вышел в море из Неаполя 6 октября и присоединился к португальцам у Мальты 12-го.

Нельсон прибыл 24 октября, покинув Неаполь 15-го. Он привел «Вангард», «Минотавр», «Одешиус», «Голиаф» и «Мутин» 16-го. По пути флот совершил заход в Марсалу. На следующий день португальская эскадра ушла в Неаполь на ремонт.

К большому недовольству Нельсона, он обнаружил, что, несмотря на неоднократные обещания, никаких запасов не было направлено островитянам из Неаполя или Сицилии, а подавление Валетты, скорее всего, займет много времени, хотя остров Гоцо был взят «Александром» 28 октября. Соответственно, 30 октября Нельсон снова отправился в Неаполь – на «Вангарде» в сопровождении «Минотавра», оставив Болла продолжать блокаду. В его распоряжении были «Александр», «Голиаф», «Одешиус», «Терпсихора» и брандер «Инсендиари». Он предполагал послать Трубриджа с несколькими кораблями к Ионическим островам, возможно, в надежде опередить русских. Приказы на этот счет были составлены, но они так и не были претворены в жизнь, и весь британский флот в Неаполе вместо этого перевозил неаполитанскую армию в Ливорно, а этот город был использован в качестве базы для глупой неаполитанской попытки атаковать французов 23 ноября. Сначала все шло нормально и неаполитанцы 29 ноября действительно вошли в Рим, но их пребывание там оказалось очень коротким. Уже 9 декабря французы вернулись в Рим, и к 23-му, то есть ровно через месяц после начала враждебных действий, неаполитанский двор отбыл на «Вангарде» в Палермо.

Фактическая оккупация Неаполя французами была отложена еще на месяц, но к 23 января 1799 года сопротивление было сломлено, и Неаполитанское королевство, точнее, его материковая часть стала Партенопейской республикой. Из неаполитанского флота три линкора были 8 января сожжены португальцем Кэмпбеллом – к большому раздражению Нельсона, хотя представляется очевидным, что условия в Неаполе к тому времени были достаточно плохими и оправдывали это действо. Другой линкор сопровождал королевскую семью на Сицилию, и три корабля принимали участие в блокаде Мальты.