Тем временем «Гийом Телль», «Юстис» и «Диана» добрались до Мальты 28 августа, так что французские силы в Восточном Средиземноморье оказались разделенными между отдельными портами: Александрия, Мальта, Корфу и Анкона. В Александрии были два бывших венецианских 64-пушечника «Дюбуа и Коссе», «Юнона» 40, 36-пушечники «Кореджёс», «Муирон», «Каррер», «Алцест», «Леобен», 30-пушечники «Мантуя», «Монтенот», бриги «Саламин», «Алерт», «Риволи», «Лоди», три бомбардирских корабля и семь небольших судов. Еще 13 малых судов оставались на Ниле. На Мальте были «Гийом Телль» 74, «Юстис» 40 и «Диана» 40, а также бывшие мальтийцы «Атеньен» 64, «Дето» 64 и «Карфагенуаз» 36. На Корфу – «Женерё» 74, «Леандр» 50, «Брун» 28 и несколько небольших судов. В Анконе – «Лахарп» 74, «Стенгель» 74 и «Бейран» 64 и тоже несколько небольших судов.

Каждая из этих групп вскоре была блокирована. У входа в Александрию Нельсон оставил капитана Худа на линкоре «Зилоус» и еще два 74-пушечника – «Свифтшур» и «Голиаф». 14 августа он послал Сумареса с кораблями «Орион», «Маджестик», «Беллерофон», «Дефенс», «Минотавр», «Одешиус» и «Тесей», чтобы эскортировать в Гибралтар призы – «Тоннант», «Спартиат», «Пёпл-Суверен», «Франклин», «Аквилон», «Конкеран». После сожжения «Эрё», «Меркурия», «Герриера» и остатков 36-пушечника «Серьез» 19-го он отплыл в Неаполь. В составе его флота были «Вангард», «Александр», «Каллоден». Наконец, к нему присоединилось несколько фрегатов: «Эмеральд», «Алкмена», «Бон Ситойен» – 12 августа, «Сихорс» 17-го¹⁰. Нельсон взял с собой «Бон Ситойен», а остальные фрегаты оставил Худу. Французы в Александрии ожидали нападения, но Худ ничего не мог предпринять, не имея бомбардирских кораблей. Тем не менее блокада, очевидно, была эффективной, поскольку англичане захватили 11 августа «Фортунанус» 16, а 23-го – канонерку «Лежер».

Теперь на театре военных действий появилась еще одна сила – португальская эскадра под командованием контр-адмирала маркиза де Низа, состоящая из четырех 74-пушечников – «Принцип Реал», «Райна де Португал», «Сао Себастио», «Афонсу де Альбукерке», брига «Фалькао» и британского брандера «Инсендиари». Эти корабли вместе с британским линкором «Лайон» 64 подошли к Александрии 26 августа. Нельсон надеялся, что они возьмут на себя блокаду египетского побережья и тем самым дадут Худу шанс произвести ремонт, однако де Низа не пожелал заниматься этим и на следующий день ушел, оставив «Льва», но в сопровождении британского фрегата «Талия», который прибыл 26-го. Сумарес и Нельсон тем временем не вели активных действий. С 24 августа до 1 сентября они поддерживали контакт друг с другом в водах, расположенных к востоку от Крита. 16 сентября Сумарес зашел в Порто-Аугуста на Сицилии, чтобы принять воду, и в тот же день «Каллоден» и «Александр» зашли в Неаполь. Корабль Нельсона «Вангард» днем раньше потерял временную мачту и неделю провел на буксире у Талии, после чего 22 сентября прибыл в Неаполь. В сицилийских водах обе британских дивизии поддерживали контакт с португальцами, и последние по просьбе Нельсона приступили к блокаде Мальты, где Сумарес встретился с ними 24 сентября. На следующий день, обнаружив, что жители острова восстали против французов, он направил французскому гарнизону требование сдаться. Оно было отвергнуто, но Сумарес ничего не мог сделать – только выгрузить 1200 мушкетов и боеприпасов для использования повстанцами. 18 октября он добрался до Гибралтара, тремя неделями раньше отправив «Минотавр» и «Одешиус» в Неаполь к Нельсону.