В феврале 815 г. началась целая череда восстаний под предводительством различных потомков Али ибн Аби Талиба. Первое началось в Куфе в поддержку прапрапраправнука Али, за ним последовали подобные же вспышки в Мекке, Медине, Басите и Басре, и все эти города были захвачены разными группами бунтовщиков. Затем шииты завладели Йеменом. На следующий год Мамун приказал доставить к нему в Хорасан Али ибн Мусу ибн Джафара, старшего потомка мученика Хусейна, и встретил его с почестями. В Куфе, Басре, Мекке и Медине разграбляли имущество Аббасидов и их сторонников, сжигали их дома, а всякого, кого замечали в черной одежде, убивали. Вполне возможно, что здесь Алиды допустили тактическую ошибку, поскольку их обращение к народу могло строиться исключительно на религиозных ценностях. Проявив мстительность по отношению к своим врагам, они поплатились своим единственным богатством. Свою роль в этих восстаниях, безусловно, играло и недовольство арабов тем, что Мамун был обязан своей победой персидской поддержке. На восстановление порядка потребовалось более года.

Тем временем Мамун, хотя теперь уже вся империя признавала его своим халифом, оставался в Мерве, а ненависть к его ставленнику в Ираке, Хасану ибн Сахелу, продолжала расти. Наконец, жители Багдада подняли мятеж, и Хасану пришлось бежать в Басит, притом что войска также бунтовали из-за задержек в выплате жалованья. Примечательно, что единственный человек, который, видимо, мог усмирить эту бурю, Тахир Двурукий, занимался незначительными делами в Ракке. В январе 817 г. жители столицы попытались провозгласить халифом Мансура ибн Махди, дядю Мамуна, заявляя, что не позволят зороастрийцу править ими. Этот оскорбительный эпитет (до ислама персы были зороастрийцами или огнепоклонниками) относился к вице-королю Хасану ибн Сахелу, который не только был персом, но к тому же лишь недавно принял ислам.

Однако Мансур ибн Махди отказался занять трон халифа, но согласился стать наместником Багдада и править от имени Мамуна. Таким образом, возникла забавная ситуация, когда в Ираке фактически шла гражданская война между Хасаном ибн Сахелом, вице-королем Мамуна, и Мансуром ибн Махди, дядей Мамуна, который также заявлял, что действует от его лица. Администрация тем временем находилась в параличе, собирать налоги было невозможно, и наемные войска то одной, то другой партии беспрерывно грабили деревни нижнего Ирака. Условия в Багдаде стали невыносимыми. На улицах кишели разбойники и солдаты, не получающие жалованья, похищали женщин, грабили на дорогах и шантажировали горожан и землевладельцев, которым приходилось платить этим шайкам за неприкосновенность своего имущества.