Наряду с вузами, руководство республики уделяло особое внимание деятельности Института истории партии при ЦК КП Азербайджана. В 1958 г. после обсуждения вышедшей в свет первой части «Истории Коммунистической партии Азербайджана» Москва выразила сильное недовольство деятельностью института. 17 августа 1959 г. руководство Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС дало отрицательный отзыв на 8 листах о деятельности своего бакинского филиала и Института истории партии. Основная часть отзыва касалась первый части «Истории Коммунистической партии Азербайджана» и позиции, занятой азербайджанскими историками во время ее обсуждения[1411]. После этого отрицательного отзыва 20 октября 1959 г. бюро ЦК КП Азербайджана обсудило ошибки и недостатки деятельности Института истории партии в связи с доработкой истории Коммунистической партии Азербайджана и приняло соответствующее постановление [1412].

После принятия руководством КПСС постановления от 17 июля 1960 г. «О мерах по улучшению работы Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС» руководство компартии Азербайджана обсудило 8 декабря 1960 г. вопрос о задачах Института истории партии вследствие того, что постановление ЦК КПСС подвергло деятельность азербайджанского Института истории партии резкой критике. Во время обсуждения отмечалось, что деятельность института не отвечает задачам, исходящим из постановления ЦК КПСС от 9 января 1960 г. «О задачах партийной пропаганды в современных условиях», решений июльского 1959 г. пленума ЦК КП Азербайджана, а также постановления бюро ЦК КП Азербайджана о недостатках в деятельности института от 20 октября 1959 г. Было указано и на то, что институт затягивает выполнение постановления бюро от 23 февраля 1960 г. о переводе произведений Ленина на азербайджанский язык. На заседании бюро также говорилось, что Институт истории партии при ЦК КП Азербайджана в недостаточной степени занимается изучением современного периода истории партийной организации республики, не поддерживает достаточно крепких связей с Институтом марксизма-ленинизма при ЦК КПСС, не направляет на отзыв в Москву подготовленные им печатные издания, а его руководство не уделяет достаточного внимания подбору и расстановке научных кадров. Постановление, принятое бюро по вопросам, обсуждавшимся на заседании, требовало от руководства института организовать свою работу согласно постановлению ЦК КПСС от 17 июня 1960 г. и превратить институт в центр научной пропаганды истории партии в республике. Институту велели переместить на первый план исследование советского периода истории Коммунистической партии Азербайджана, издание трудов по этому периоду, принимать активное участие в подготовке многотомника истории КПСС и истории большевистских организаций Закавказья.