Поскольку вопрос о взятках в университете продолжал широко обсуждаться, а следственная группа Прокуратуры СССР вскрыла новые связанные с этим факты, 2 февраля 1965 г. Президиум ЦК КП Азербайджана вернулся к рассмотрению вопроса об Азгосуниверситете. В ходе заседания Президиума было признано, что по результатам обсуждения, состоявшегося на заседании Президиума 28 ноября 1964 г., не принято принципиального решения в отношении ректора Шафаята Мехтиева, проректоров Абдуллы Алекперова и Мамеда Эфендиева, в работе которых допущено много ошибок. Отмечалось, что, несмотря на неоднократные предупреждения, ректорат не перестроил свою работу, не принял действенных мер к устранению недостатков. Ректор Мехтиев не проявлял должной требовательности к себе и к своим подчиненным, болезненно реагировал на критику подчиненных. Проректоры Алекперов, Эфендиев недостаточно ощутили всю ответственность возложенных на них поручений. На заседании Президиума 2 февраля всех их освободили от занимаемых должностей. 11 февраля на партийном собрании университета с участием В. Ю. Ахундова коллективу сообщили, что кандидат физико-математических наук Мехти Алиев назначен новым ректором, доктор геологических наук Кадыр Султанов – проректором по научной работе, кандидат физико-математических наук Рамиз Султанов – проректором по учебной работе [1404].

Однако назначение нового ректора не остановило интриг в университете. Факт назначения после академика Ш. Ф. Мехтиева ректором кандидата наук, доцента М. С. Алиева дал его противникам весомый аргумент для критики. В начале 1967 г. 25 профессоров и кандидатов наук из университета обратились к секретарю ЦК Ш. К. Курбанову: «Мы, ученые Азгосуниверситета им. С. М. Кирова, обращаемся к Вам в связи с абсолютно непереносимым положением в университете и срочно требуем принять нас»[1405]. Среди подписавших это письмо были: М. Ализаде, А. Азнауров, Д. Гусейнов, Х. Ахмедов, Ф. Касумзаде, А. Алиев, Г. Иманов, А. Асланов, А. Ибрагимов, П. Мосесов, Н. Мамедов, К. Кочарли, М. Оруджев, З. Оруджев, Г. Мустафаев, А. Габибзаде, Г. Чендиров, Л. Аскеров, А. Исмаилов, С. Гаджиев, С. Алиев, и другие.

16, 18 и 20 февраля на собрании в ЦК с участием Ш. К. Курбанова обсуждалось положение в университете. Фуад Касумзаде рассказал о положении, сложившемся на историческом факультете, и выразил недовольство отсутствием специалистов по общественным наукам в руководстве университета. Аслан Асланов указал, что уже долгое время не проводятся общеуниверситетские партийные конференции, не обсуждаются последние решения и постановления ЦК КПСС и, в то время как все университеты страны возглавляют известные ученые, во главе Азгосуниверситета стоит доцент, который неправильно подбирает кадры для назначения на руководящие должности, часто пользуется именем Ахундова и т. д. и т. п.