Основная роль в проведении научных исследований постепенно переходила к ученым-азербайджанцам. Расширялись и научные связи академии. Огромной потерей для азербайджанской науки стала смерть Юсифа Мамедалиева – президента Академии наук Азербайджанской ССР, видного организатора науки, обладавшего большим авторитетом в академических кругах Советского Союза. Бюро ЦК КП Азербайджана выдвинуло на его место кандидатуру известного математика, академика-секретаря физико-математического отделения – Захида Халилова, работавшего в 1957–1959 гг. вице-президентом Академии наук. 12 февраля 1962 г. В. Ю. Ахундов обратился с письмом в ЦК КПСС за утверждением З. И. Халилова президентом академии[1418]. Обращение было встречено положительно, и Халилов избран на эту руководящую должность, на которой проработал до 1967 г.

Вскоре после своего утверждения президентом АН Азербайджана З. И. Халилов опубликовал в газете «Азербайджан муаллими» («Учитель Азербайджана») статью, пропагандировавшую изучение русского языка, где говорилось: «Этот язык очень важен, потому что на нем написана программа Коммунистической партии». 14 июня 1962 г. научный сотрудник Института географии Академии наук, руководимой Халиловым, Рамзи Юзбашев писал ему в связи с этой статьей: «С точки зрения логики между Вашими суждениями и суждениями какого-нибудь муллы нет никакой разницы. Так же, как каждой матери дорого ее дитя, каждому народу дорог его язык»[1419].

В марте 1965 г. Президиум ЦК КП Азербайджана принял постановление о деятельности Президиума Академии наук. В значительной степени это было обусловлено требованиями выполнения совместного постановления ЦК КПСС и Совета министров СССР «О мерах по улучшению деятельности Академии наук СССР и академий наук союзных республик» от 11 апреля 1963 г. До принятия постановления ЦК КП Азербайджана отдел науки ЦК подготовил справку о деятельности Президиума Академии наук республики. В этой справке указывалось, что в академии имелись серьезные проблемы с приемом в аспирантуру. Так, в 1963 г. 59 из 78 аспирантов принято вне утвержденного плана, а в 1964 г. 29 из отведенных для точных наук аспирантских мест передано отделениям гуманитарных наук.

В справке отмечалось, что в научном руководстве аспирантами наблюдается неравенство: «.если одни ученые имеют по 1–2 аспиранта, другие – по 12–13, а член-корреспондент Академии наук Азад Мирзаджанзаде даже руководит 20 аспирантами. В 1964 году только 4 из 190 аспирантов защитились в срок» [1420]. В постановлении, принятом по материалам этой справки, говорилось, что если в 1962 г. в Академии было защищено 12 докторских диссертаций, то в 1964 г. – только 10. Институты химии, математики и механики, экономики, вычислительный центр за последние два года не подготовили ни одного доктора наук. Постановление поручало президенту академии Захиду Халилову, вице-президентам Мустафе Топчибашеву, Мамед-Арифу Дадашзаде, секретарю парткома М. Багирову в самые короткие сроки устранить подобные недостатки[1421].