По возвращении В. Ю. Ахундова в Баку согласованный план стал наполняться рабочим содержанием. 29 апреля президент АН Азербайджана Рустам Исмаилов обратился к нему с письмом о необходимости создания дополнительного места вице-президента академии для планирования научно-исследовательской работы и руководства применением результатов научной работы на производстве[1575]. Наутро после получения этого письма Ахундов наложил на него резолюцию о вынесении вопроса на бюро. 6 мая бюро ЦК КП Азербайджана дало согласие на учреждение дополнительного места вице-президента АН Азербайджана [1576]. В то же время еще до заседания бюро ряд научно-исследовательских учреждений обратился к Ахундову с просьбой выставить свою кандидатуру на выборах в Академию наук. 6 мая заседание бюро ЦК сочло возможным его участие в выборах и занятие должности заведующего отделом Азербайджанского научно-исследовательского института вирусологии, микробиологии и гигиены им. Мусабекова без получения зарплаты. В июне 1969 г. В. Ю. Ахундов был избран действительным членом АН Азербайджанской ССР, минуя стадию члена-корреспондента.

После решений бюро, принятых 6 мая, все члены руководства поняли, что он уходит с занимаемого поста. Это привело к напряженной борьбе за освободившееся место. 21 мая 1969 г. на заседании бюро ЦК КП Азербайджана обсуждались итоги 4 месяцев работы предприятий промышленности и строительства. Бюро уделило внимание некоторым переменам в социальной жизни, промышленности и сельском хозяйстве, произошедшим во второй половине 1960-х гг. В 1967 г. впервые в СССР ряд промышленных предприятий был переведен на 5-дневную рабочую неделю. В октябре того года на пятидневку перешли 1 958 предприятий, на которых работали 362 тыс. чел.[1577] В декабре бюро ЦК КП Азербайджана приняло постановление, призванное решить проблемы с переходом на 5-дневную рабочую неделю[1578].

Вскоре после прихода В. Ю. Ахундова к руководству республикой в Баку было возобновлено строительство метро, остановленное в 1953 г. Введение в эксплуатацию 5 станций Бакинского метрополитена в ноябре 1967 г. стало важным событием в социальной жизни города. Именно тогда проявились первые симптомы недовольства Москвы Ахундовым. На октябрьском 1968 г. пленуме ЦК КПСС генеральный секретарь ЦК КПСС Л. И. Брежнев подверг резкой критике партийную организацию республики за незаконное использование средств, выделенных для сельского хозяйства, на строительство Бакинского метрополитена и жилых домов[1579]. Публичная критика со стороны Брежнева прозвучала тогда в адрес Ахундова во второй раз после майского 1966 г. пленума ЦК КПСС, когда выражалось недовольство отставанием республики в выполнении сельскохозяйственных планов.