Ближе к концу 1966 г. отношение к Ахундову стало постепенно ухудшаться. До сентябрьского 1967 г. пленума ЦК КПСС включительно он очень активно участвовал в обсуждении важнейших вопросов на этих высоких партийных форумах. Однако впоследствии его имя перестали включать в списки выступавших[1580]. Ряд зарубежных аналитиков относили Ахундова к группе Шелепина в партийной элите СССР и связывали охлаждение отношения к нему с отстранением в сентябре 1967 г. этого оппозиционного Брежневу деятеля от должности секретаря ЦК КПСС. Они также указывали, что немалую роль в этом сыграла позиция Ахундова по поводу необходимости ограничить вмешательство центра в экономическую и хозяйственную жизнь республики. Уменьшение доверия Москвы к Ахундову многие аналитики объясняли еще и усилением в республике антисоветской пропаганды. Примером тому они считали выступление председателя КГБ республики С. К. Цвигуна на XXVII съезде компартии Азербайджана. В нем он отмечал усиление антисоветской пропаганды со стороны США и их западных союзников, выразившееся в усилении радиовещания на языках народов СССР[1581].
В своем выступлении на пленуме, посвященном итогам развития народного хозяйства республики за последние 4 месяца, Ахундов сказал: «Товарищи, итоги 4 месяцев, как вам известно, более чем тревожны. Тревожны не только потому, что сорван план 4 месяцев в каких-то допустимых пределах, которые легко поправить, тревожны еще и потому, что… если не будут приняты крутые меры, они понесут за собой опасность срыва годового плана». Он отметил, что за первые 4 месяца 1969 г. выполнение плановых заданий и социалистических обязательств в промышленности и строительстве составило 93,6 % от показателей аналогичного периода прошлого года[1582]. Попытки некоторых товарищей объяснить невыполнение плана холодной зимой, считал он, безосновательны и не выдерживают никакой критики. Жаловаться на холодную зиму могут только те, кто к ней не готов. В доказательство своих слов Ахундов напомнил басню Крылова «Стрекоза и муравей», указав, что стрекоза хоть нашла в себе мужество признаться в собственной беспомощности, тогда как некоторые товарищи и этого сделать не способны. «Пора, товарищи, кончать с этой беспечностью», – подытожил он[1583].
Высказывая критику в адрес решения хозяйственных вопросов рядом руководящих работников, В. Ю. Ахундов подчеркнул важность сохранения национальных кадров. Он напомнил, что в течение 20 с лишним лет багировского режима в Азербайджане царили произвол, расправы с лучшими кадрами за малейшую провинность, иногда и без всякой причины. Страх, унижение человеческого достоинства, расправа, произвол – таковы атрибуты и стиль того приснопамятного периода. Он предупреждал о необходимости уходить от подобных методов, сохранять кадры, созданные с большим трудом. Многие, сказал он, советовали ему грозить пальцем, бить кулаком по столу, угрожать. Но 20-летнее правление Багирова доказало, что следует рассчитывать не на кулаки, а на разум людей. Относительно управления Ахундов привел в своем выступлении интересный пример. Один из присланных на работу в республику товарищей рассказал, что ему рекомендовали работать в Азербайджане следующим образом: «Вы с нашими будьте погрубее, иногда стучите кулаком по столу. Они понимают только этот язык, язык страха. Иначе они будут считать вас слабым» [1584].