Тем не менее, несколько блестящих боевиков-продолжений данной серии, которые были сняты позже, показывают нам различные философские проблемы, такие, как проблема непостоянного пространства-времени или противоречия относительно понимания действительности, а также проблема свободы воли. Морфеус внезапно цитирует выбор Алисы, который она делает в глубокой кроличьей норе, в романе английского писателя Льюиса Кэрролла (L. Caroll) «Алиса в Стране чудес». Морфеус тоже предлагает Нео выбор из двух таблеток, красной и голубой. Если Нео выберет голубую таблетку, он и далее останется в иллюзорном мире, но, если он все же выберет красную таблетку, он сможет узнать, что из себя представляет реальный мир. Когда Андерсон выпивает красную таблетку, он обнаруживает не только то, что он живет в 2199 году, а не в 1999 году, как он думал ранее, но также и то, что в реальном мире он является лишь источником биоэнергии, пребывающим в иллюзорном мире, Матрице. Нео (так зовут Томаса Андерсона в «Матрице») сбит с толку тем фактом, насколько программа Матрицы является переплетением иллюзии и реальности.

Есть интересная реплика Морфеуса, где он говорит, что реальность необязательно должна быть связана с восприятием реальности или объективной реальностью как таковой.

Что есть реальность? И как определить ее? Есть набор ощущений, зрительных, осязательных, обонятельных, это – сигналы рецепторов, электрические импульсы, воспринятые мозгом[334].

То, что он чувствует в Матрице, отличается от реальных ощущений, и мир Нео до того момента, как его разбудили, замыкался только на том, что ему говорил его головной мозг. Матрица – это система, которая отбирает индивидуальные чувства и мысли, она представляет собой завесу, которая не позволяет людям видеть себя рабами. Морфеус говорит, что реальность представляет собой набор субъективных ощущений, что она – всего лишь электрический сигнал, который головной мозг обрабатывает и формирует таким образом некие представления. Парадокс в том, что сознание и границы познания не могут быть уменьшены только благодаря воздействию на головной мозг. Для Морфеуса мир за пределами Матрицы реален и правдив. Постепенно и Андерсон начинает понимать, что мир, в котором он жил, был ненастоящим, миром, которым управлял искусственный интеллект.