Если мы рассмотрим эти три модели поведения с нейробиологической точки зрения, то мыслительная деятельность первой группы, можно сказать, полностью соответствует информации, поступающей в мозг. Вторая и третья группы, с другой стороны, представляют собой различные полюса разделения разума и мозга. Разница между ними заключается в том, что представители второй группы, включая Сайфера, необязательно желают вернуться к реальности, потому что они вполне удовлетворены получением чувственного опыта. Третья группа же стремится к сопротивлению разума против иллюзии. Главные герои, Нео и Морфеус, безусловно, принадлежат к третьей категории. Они стремятся избавиться от своего прошлого существования в качестве домашнего скота машин и изо всех сил стараются избежать невидимого рабства Матрицы. Нео и Морфеус, однако, играют роль воинов, противостоящих антигуманистической цивилизации, символизируемой господством искусственного интеллекта и, конечно же, Матрицы как его апогея. Они мечтают о возвращении власти людей и считают своим идеалом потерянную реальность прошлого.

Боль и смерть, однако, по каким-то причинам не были преодолены в мире Матрицы. Когда Нео падает со здания во время тренировки, чтобы научиться правильно пользоваться силой Избранного, он спрашивает, приводит ли смерть в воображаемом мире к реальной смерти. Морфеус тогда кратко ему отвечает, что человеческое тело не может жить без разума. А разум может быть заменен информацией, поступающей в головной мозг. Когда Матрица сигнализирует о смерти тела головному мозгу, деятельность внутренних органов фактически прекращается, и тело фактически погружается в состояние смерти. Поэтому физическая боль Нео в виртуальной реальности становится непосредственной причиной его настоящей смерти, и, таким образом, виртуальное воздействует на реальный мир. В этой борьбе реального и виртуального мира инициатива отходит к Матрице и алгоритмам ее работы.

Кроме того, стремление Сайфера снова оказаться в ловушке виртуальной системы Матрица не разделил ни один член команды его корабля. Тут уместно будет упомянуть, что корабль, на котором передвигаются главные герои, носит название «Навуходоносор», то есть имя воина, который непреклонно движется к исполнению поставленных им целей, а также познает истинную сущность вещей, сбрасывая с глаз пелену иллюзий. Сайфер не желает более оставаться в реальности, где он вынужден во всем подчиняться капитану корабля, Морфеусу, которого он ненавидит, и испытывает неразделенную любовь к девушке, Тринити. Сайфер убежден, что эта ситуация уже никогда не изменится, и единственным местом, где он действительно может получить шанс начать все сначала, является мир Матрицы. Разработчики программы Матрица также убеждены, что, предоставляя среду, которая полностью контролирует головной мозг каждого человека, они смогут контролировать всех людей, включая Сайфера.