В конце декабря 1918 г. французская миссия в значительной степени ограничила прерогативы ПНК по руководству польской армией. Президиум комитета не согласился с таким решением и на этой почве вступил в конфликт с военным руководством. Генерал Жанен стремился расширить свои полномочия и распространить их на решение вопросов польской политики. ПВК был лишен финансовых средств на проведение агитационной работы, а опека над семьями солдат и инвалидами была возложена на военное руководство. В результате и ПВК, и ПНК потеряли авторитет и лишились финансовой поддержки[1737].

22 февраля 1919 г. в газете «Сибирская жизнь» было опубликовано обращение к польскому населению уполномоченного ПНК в Томском округе Горского. В нем говорилось, что в прессе Екатеринбурга появилась заметка, в которой подвергался сомнению факт вручения ПНК в Париже официальной опеки над поляками в Сибири ПНК для Сибири и России. Горский отмечал, что осуществление именем ПНК в Париже опеки поручено ему телеграммой, которая была передана консулу Франции в Иркутске для вручения Собещанскому. Данная телеграмма уведомила комитет, что высшее польское командование в Сибири подчинено военным властям и ведает военными, а не гражданскими делами. ПНК был признан польскими государственными органами своим официальным представителем в отношении польских граждан в Сибири. Горский указывал, что «всякие объявления, распоряжения» к полякам по делам невоенным всех других польских учреждений не получают признания польской государственной власти[1738].

Между созданными польскими комитетами стали нарастать противоречия. ПВК и ПНК попытались разделить полномочия. «Сибирская жизнь» 13 апреля 1919 г. опубликовала обращение руководителей ПВК и ПНК, среди которых были: К. Дзевалтовский-Гинтовт, Б. Хартунг, В. Хотан. В обращении говорилось, что ПВК организует польское войско в Сибири, а ПНК по поручению Национального комитета в Париже берет под защиту польское гражданское население[1739].

21 апреля 1919 г. в Томск прибыли члены ПНК Сыпер, С. Вилькошевский и С. Романовский. Сыпер и Вилькошевский 23 апреля выехали в Новониколаевск, чтобы окончательно распределить функции между ПВК и ПНК, а Романовский остался в Томске с целью ознакомить поляков с деятельностью ПНК. 27 апреля в «Новом театре» он выступил на собрании польской колонии с информацией «об освободительном движении в Сибири и о деятельности ПНК»[1740].

Среди поляков в Сибири бытовало мнение, что существование двух польских комитетов вредит интересам польской колонии и необходимо передать власть одному из них. За это, в частности, высказалось собрание поляков в Барнауле 21 июня 1919 г. Член правления польской организации в Барнауле Г. Домбровский предлагал передать представительство польских организаций одному ПВК, что и было поддержано собранием [1741].