Против сотрудничества польских военных отрядов с белыми выступали некоторые представители церкви. Так, священник Францишек Грабовский в 1918 г. был выслан из Уфы в Нарымский край Томской губернии за публичные выступления против такого союза[1858].

Бывшие военнопленные мечтали о возвращении в Польшу и не желали активно участвовать в военных действиях на территории Сибири. Польское войско для этих людей служило гарантией возвращения на родину с оружием в руках, что давало шансы для борьбы за независимость Польши на своей территории. В отличие от них, военнослужащие из русской армии выступали за свержение советского правительства и были не прочь приложить к этому свои усилия[1859]. После падения царизма главным врагом Польши поляки считали Германию и ее союзников. Так как большевики заключили с Германией мир, то необходимо было вести борьбу с большевиками. Так понимали свой долг польские военные[1860].

Эти разногласия давали о себе знать и среди командиров дивизии. По мнению Я. Нейя, конфликтную ситуацию подогревало наличие двух штабов. В связи с планами расширения рядов польских войск до размеров корпуса был создан отдельный штаб для 5-й польской дивизии. Командование дивизии подчинялось командованию польских войск в Восточной России и Сибири. Это ослабляло единство польских частей, поскольку каждый из штабов имел свою идеологию и проводил свою политическую линию[1861]. Полковник В. Чума – бывший офицер польских легионов – разделял стремление солдат вернуться в Польшу, поддерживал своих бывших однополчан, которых в Сибири было 74 человека, в том числе 25 офицеров. По мнению большинства офицеров штаба польских войск, им не следовало вмешиваться во внутренние дела России и нужно было как можно быстрее выводить войска из Сибири на родину. Один из польских коммунистов называл эту группу «австрийской офицерской группой», которая, по его мнению, преобладала в офицерском корпусе и в штабе. Офицеры из бывшей армии Австро-Венгрии располагали поддержкой ПВК, где, по мнению автора воспоминаний, преобладали «австрийские демократы»[1862].

В связи с конфликтом между ПВК и ПНК Чума в январе 1919 г. ограничил компетенцию ПВК решением военно-политических вопросов, связанных с пребыванием польских войск в Сибири, набором в войска, обеспечением семей военных и инвалидов[1863]. В состав ПВК вошли три представителя армии. В январе 1919 г. в Новониколаевске состоялась конференция представителей ПВК и командования польских войск, где был избран состав комитета во главе с генералом Жуковским. В декларации, подписанной членами ПВК и командующим польскими войсками В. Чумой, говорилось, что до прибытия в Сибирь уполномоченного от правительства Польши ПВК является единственным руководителем польской армии в Восточной России и Сибири[1864].