Обе эти дивизии, силой в 20 с лишним тысяч человек, перешли Альпы в январе, когда никто и не подозревал об их движении. На перевале их встретила буря. Проводники советовали остановиться; офицеры приказали играть музыку, и бурю встретили барабанным боем и развернутыми знаменами. Обе дивизии уже спустились в Пьемонт, а об отбытии их с Рейна и не подозревали.
Лишь только подписав капитуляцию Мантуи, Бонапарт тотчас же отправился в Болонью – предписать свою волю папе римскому. Директория желала бы, чтобы он окончательно уничтожил светскую власть Святого престола, хотя и не принуждала его к тому и предоставляла ему право действовать сообразно обстоятельствам. Бонапарт, однако, не думал ввязываться в подобное предприятие. Тогда как всё готовилось для похода за Юлианские Альпы, он хотел лишить папу еще только одной или двух провинций и принудить его уплатить контрибуцию, которая покрыла бы издержки новой кампании. Желать большего значило компрометировать общий план военных действий против Австрии.
Бонапарту следовало торопиться, чтобы вовремя возвратиться в Северную Италию; следовало стараться не возбудить религиозной войны, а вместе с тем – оказать давление на неаполитанский двор, который хотя и заключил мир с Францией, но нисколько не считал себя связанным договором. Эта держава хотела вмешаться в столкновение, чтобы попользоваться землями папы, а также помешать утверждению в Риме республики и не дозволить революции утвердиться у самых ее владений. Бонапарт объединил в Болонье дивизию Виктора и новые итальянские войска, набранные в Ломбардии и Циспадании, и сам стал во главе их ради предприятия, надлежащим образом выполнить которое можно было только с его решительностью и быстротой.
Папа находился в страшном беспокойстве. Император обещал ему союз на самых тяжелых условиях: ценой Феррары и Комаккьо; но этот союз ничего уже не значил после уничтожения армии Альвинци; Святой престол только напрасно себя скомпрометировал. Корреспонденция кардинала Буски, государственного секретаря, заклятого врага Франции, была перехвачена. Замыслы против французской армии, на которую хотели напасть с тыла, были обнаружены, и не оставалось более никаких оправданий, чтобы просить милости победителя, предложения которого уже год отказывались выслушать.
Когда посланник Како обнародовал манифест французского главнокомандующего и потребовал паспортов, его не решились удерживать из остатков гордости, но страшно обеспокоились. Вскоре стали слушаться только советов, внушенных отчаянием. Австрийский генерал Колли, прибывший в Рим с несколькими офицерами, был поставлен во главе папских войск; во всех римских провинциях читали фанатичные проповеди, обещали отпущение грехов и спасение всем, кто станет на защиту Святого престола, старались возбудить новую Вандею. Настоятельные мольбы были обращены также к неаполитанскому двору; в нем старались пробудить всё его честолюбие и религиозную ревностность.