Было вполне естественно, что для покрытия военных издержек Франция завладела казначействами старых аристократических кантонов: как деньги казначейств, так и припасы складов требовались французам для содержания армии. В связи с этим Рапина приказал запечатать все казначейства. Многие швейцарцы, даже желавшие революции, находили весьма неприглядным захват денег и запасов старых правительств. Как и все горцы, швейцарцы благоразумны и храбры, но весьма скупы. Они желали, чтобы им подарили свободу и избавили от олигархов, но при этом вовсе не желали нести военных издержек. В то время как Голландия и Италия, почти не жалуясь, переносили всю тяжесть длинных и опустошительных кампаний, швейцарские патриоты подняли крик из-за нескольких миллионов. Директория

Гельвеции, в свою очередь, наложила новые печати на печати Рапина, также протестуя против распоряжения. Тогда Рапина приказал немедленно снять печати директории и объявил, что ее роль является чисто административной, что она бессильна против власти Франции и впредь ее декреты и законы будут иметь силу лишь до тех пор, пока в них не будет ничего противного постановлениям французского комиссара и главнокомандующего. Враги революции (в гельветические советы попали многие из них) радовались этому столкновению и уже кричали о тирании. Они заявляли, что их независимость нарушена, что Французская республика, имевшая притязание нести им свободу, на самом деле принесла лишь порабощение и нищету.

Оппозиция проявлялась не только в советах, но также в директории и в местной администрации. В Люцерне и Берне она состояла из прежних аристократов и ставила всевозможные преграды взиманию у дворянских семей пятнадцати миллионов. Рапина решился также очистить правительство и администрацию Гельвеции. Письмом от 16 июня (28 прериаля) он потребовал отставки двух директоров, министра иностранных дел, а также всего состава административных палат Люцерна и Берна. Такому требованию, выставленному к тому же в виде приказа, отказать не смогли. Отставки были немедленно поданы, но грубость, с которой в этом случае держал себя Рапина, дала повод к новым крикам и сделала виновным уже его. В самом деле, открыто требуя перемены лиц, французский комиссар нарушал все обычные формы, тогда как того же результата легко было достичь другими способами.

Французская директория немедленно написала Гельветической, снимая с себя ответственность за поведение Рапина. Комиссара отозвали; тем не менее отставленные члены были исключены. Взамен советы избрали Окса, автора конституции, и Лагарпа, брата генерала, убитого в Италии, одного из главных организаторов революции в Ваадтланде и одного из честнейших и благонамереннейших граждан страны.