В Цизальпинии царил неменьший беспорядок. Образовывая республику, Бонапарт не имел времени точно рассчитать разделение территории или число необходимых чиновников, устроить достойное муниципальное и финансовое управление. Это небольшое государство имело двести сорок представителей, число департаментов было весьма значительным, государственные доходы пожирались армией чиновников, не существовало никакой правильной и единообразной системы налогов. При значительном богатстве страны в ней совсем не было финансов, и она едва могла оплачивать субсидию на содержание наших армий. После того как Бертье исключил из советов некоторых членов, там преобладали революционеры: как в советах, так и в клубах только и слышались призывы якобинцев, а наши армии поддерживали это настроение. Брюн уже возвратился в Италию, где, после отправки Бертье в Египет, был назначен главнокомандующим всех французских войск. Его окружали самые пылкие патриоты. Начальник ломбардских войск Лагоц отличался такой же крайностью мнений и чувств.

Поведение наших офицеров в Цизальпинии составляло другую причину беспорядка. Они вели себя в республике как в завоеванной стране; дурно обращались с жителями, требуя у них зимних квартир, которых, согласно договору, им не полагалось; опустошали местности, в которых квартировали; позволяли себе собирать реквизиции, как в военное время; требовали денег у местной администрации и брали их без всякого основания из городских казначейств. Особенно же нестерпимыми поборами отличались коменданты крепостей: так, например, комендант Мантуи присвоил себе исключительное право рыболовства в озере. Требовательность генералов возрастала с их чином; помимо прямых поборов, они вступали еще и в бессовестные сделки с подрядчиками. Компания, продовольствовавшая Итальянскую армию, уступала ее главному штабу 40 % своей прибыли; уже из этого можно заключить, как велика была последняя. Вследствие дезертирства в армии оставалась лишь половина солдат по спискам, так что республика платила вдвое больше, чем следовало; несмотря на всё это, содержание солдатам выдавалось весьма неаккуратно, большая часть не получала жалованья в течение нескольких месяцев. Цизальпинские патриоты потворствовали всем этим беспорядкам, не жалуясь, потому что их поддерживал главный штаб.

Положение дел в Риме было чуть лучше: комиссия в составе Дану, Флорана и Фепу благоразумно и добросовестно управляла завоеванной страной. Принятая конституция была составлена тремя комиссарами по образцу французской, от которой отличалась лишь названиями и несколькими частностями: директоры назывались консулами, совет старейшин – сенатом, другой совет – трибунатом. Недостаточно, однако, было дать конституцию – нужно было привести ее в действие; а введению ее препятствовал не фанатизм римлян, как можно было бы полагать, но их леность. Серьезно противились введению конституции в силу лишь некоторые крестьяне в Апеннинах, подстрекаемые монахами; но зато среди самого населения Рима, которое должно было составить консулат, сенат и трибунат, замечались беспечность и крайняя неспособность к труду. Нужны были необыкновенные усилия, чтобы заставить их заседать через день, и они непременно требовали летних вакаций. К лености нужно еще прибавить полнейшую неопытность и неспособность к администрированию.