Второй специальностью, которую получил Ломоносов при обучении за границей, была металлургия и горное дело. Правда, не очень похвально он отзывался о своем фрейбергском учителе — профессоре Генкеле. Так, в одном из писем из-за границы он пишет: «...я же не хотел бы поменяться с ним (Генкелем. — В. К.) своими, хотя и малыми, но основательными знаниями и не вижу причины, почему мне его почитать своею путеводною звездою и единственным своим спасением; самые обыкновенные процессы, о которых говорится почти во всех химических книгах, он держит в секрете, и вытягивать их приходится из него арканом; горному же искусству гораздо лучше можно обучиться у любого штейгера, который всю жизнь свою провел в шахте, чем у него. Естественную историю нельзя изучить в кабинете г. Генкеля, из его шкапов и ящичков; нужно самому побывать на разных рудниках, сравнить местоположение, свойства гор и почвы и взаимоотношение заложенных в них минералов».

Как известно, Ломоносов досрочно прервал обучение у Генкеля и самостоятельно закончил горное образование на рудниках и заводах Саксонии. Трудами в области этой второй специальности Ломоносов также принес немалую пользу отечеству. По возвращении на родину он пишет большую работу «Первые основания металлургии, или рудных дел», составляет обширное описание минералов и много трудится над созданием в горных науках подлинно русской терминологии. Наконец, он разрабатывает и распространяет не имеющую себе подобных по полноте и широте охвата инструкцию для массового сбора по всей стране образцов руд и других полезных ископаемых.

В своем знаменитом труде «О слоях земных» Ломоносов высказывает замечательные мысли об образовании жильных месторождений, о генезисе некоторых рудных минералов, о возрасте гор. Здесь опять он поражает необъятным размахом своего мышления. Академик В. И. Вернадский в опубликованной еще в 1900 г. статье «О значении трудов М. В. Ломоносова в минералогии и геологии» писал, что Ломоносова надлежит считать родоначальником минералогии и геологии в России, что его работы к этой области свидетельствуют о необычайной прозорливости его мышления и что он далеко обогнал современные ему научные представления, взлетев мыслью лет на сто вперед.

Другой пример такой «дальнобойности» ума Ломоносова приводит наш знаменитый почвовед В. В. Докучаев в своих лекциях, изданных в 1901 г.: На днях проф. Вернадский получил поручение от Московского университета разобрать сочинения Ломоносова, и я с удивлением узнал от проф. Вернадского, что Ломоносов давно уже изложил в своих сочинениях ту теорию, за защиту которой я получил докторскую степень, и изложил, надо признаться, шире и более обобщающим образом».